自从空天使来袭后又过了一个多星期，上条难得享受了一下轻松时光。自上次战斗后，三人的羁绊更加深刻了但是，碇真嗣却还是整天一副忧郁少年的模样。上条看在眼里，所以经常找机会与他谈谈或聊聊天。在上条的不懈努力下，碇真嗣的性格也开始了改变。
一个周末，上条决定和碇真嗣一起去集体墓地看望他早已去世的母亲碇唯。等两人抵达位于郊区的墓地，看到那荒凉的大地上一排排的黑色墓碑，上条的心中不由得压抑起来。他们走了会儿，突然发现一个人站在碇唯的墓前，碇源堂司令。他出神地看着妻子的墓碑，整个人看上去既疲惫又落寞。看见这样的碇司令上条不禁有些意外，虽然他的作风是不择手段但现在他只是个失去了妻子的可怜人，碇真嗣看到父亲明显犹豫了起来。
碇真嗣似乎不敢往前再踏一步，上条见他这样便拍了拍他的肩膀道：“我陪你去。”两人慢慢走到了他面前，碇司令有些意外地看着他俩。在父子俩交谈的时候，上条选择了回避。谈话结束时碇真嗣喊了一句：“我很高兴现在和你说话，父亲。”碇源堂慢慢说道：“是吗？”他突然回头深深看了眼上条便登上了飞机。两人回去的路上，上条的电话响了：“上条君赶快回来，使徒来了。”
来袭的使徒是夜天使，碇真嗣回葛城美里家而上条往基地赶。等上条赶回NERV本部的时候，夜天使已经进入了第三新东京市。在地下列车驶入地下隧道的时候，上条用肉眼确认了使徒的模样。夜天使的外表看起来是一个巨大的球形生物，浑身黑白色的条纹。它慢悠悠地漂浮在东京市的高楼大厦之间，似乎毫无危险感。
上条的表情十分凝重，他现在正在思考如何打倒夜天使。在原剧中，初号机不小心被夜天使吞噬，最后依靠暴走才成功击败了它。但上条并不打算让初号机暴走来干掉它，可关键问题是夜天使十分特殊。天上慢悠悠飘着的那个球体其实根本不是夜天使的本体，使徒真正的本体是位于球体下方的那个黑色影子。
从人类的生物学角度看夜天使的话，它的身体和影子是完全颠倒的。不过目前夜天使还很平静，球体下方的也只是普通的影子，它真正的本体还没显现出来。这就是让上条抓狂的问题所在，夜天使根本没有实体，他该怎么做才能干掉一片看上去普通得不能再普通的影子？上条赶到作战大厅的时候，明日香和绫波丽已经换上了战斗服做好了作战准备，只不过还没登上EVA。
另一边，“富士山的雷达站究竟是怎么回事？使徒已经打到家门口了还一点反应都没有！”葛城美里火冒三丈地冲着青叶茂喊道。青叶茂：“没有侦测到，目标是突然出现。”日向诚：“血型为橘色，未发现AT力场反应。”赤木律子难以置信：“怎么回事？新型的使徒吗？”伊吹摩耶：“MAGI对此的判断有所保留。”
这时作战大厅二层后面的大门打开了，上条急匆匆地跑了进来。明日香：“当麻你可算来了。”而葛城美里赶忙说道：“你快去换战斗服。”等上条换好战斗服再来到大厅，他们还没想出作战对策。这时上条开了口：“你们说的话我都听到了，我有个想法。”“说说看。”全体成员看向上条，“我们现在看到的恐怕不是使徒的本体。”
“我猜使徒真正的本体其实是位于球体下方的那个影子。”上条刚说完就引起轩然大波。赤木律子作为科学家立马质疑道：“你是怎么知道的？有直接证据吗？”上条满脸尴尬：“没有。”就在气氛十分诡异的时候，绫波丽认真道：“我相信当麻。”“我也相信他。”明日香表态道。“这根本不科学。”虽然赤木律子不敢置信但结果…
“至今为止的使徒哪个科学了？”葛城美里一抱胸道。赤木律子哑口无言。“在这种情况下我们对使徒的情报几乎为零，我们只能相信上条君说的话了。”葛城美里扭头看向上条：“既然你看出使徒的本体，那有没有可以消灭它的方法？”上条摇了摇头：“抱歉我不知道。现在使徒还处于静默状态也就是说它的本体还没出现。"
“但是只要使徒展开攻击，它的本体就一定会出现。"葛城美里听懂了上条的意思：“也就是说必须我们这边先出击吗？”上条点头道：“我们只是佯攻，当使徒露出本体之时便是进攻开始之时。”上条说完后，葛城美里和赤木律子都露出吃惊的表情，过了会儿，赤木律子道：“如果情报属实，倒是一条可行的作战方案。”
葛城美里握了握拳后下定决心：“作战开始。”上条三人登上各自的EVA，上条一边做准备一边叮嘱绫波丽和明日香：“使徒的速度快到可以说是瞬间移动，而他的影子又能吞噬任何物体，所以作战时一定要小心脚下的影子。”绫波丽和明日香都透过小窗口点了点头。这时葛城美里命令：“发射。”三台EVA向地表弹射了出去。
夜天使依旧在城市里慢悠悠地漂浮着，在它几百米外三台EVA已经集结在一起并拿着武器。零号机拿着把狙击步枪，二号机拎着把合金斧头，初号机拿了个手枪而腰上挂了个灰色的小包。绫波丽观察着夜天使：“还在往市中心缓慢移动。”三台EVA跟叠罗汉似的在一座高楼后从下到上依次探出头，而夜天使还在悠哉地散步。
上条突然听到一阵轰鸣声，原来是葛城美里叫来的轰炸机到了。于是上条又叮嘱了绫波丽和明日香一下，于是初号机举起手枪就是一枪。夜天使突然在众目睽睽之下消失了，与此同时黑色的影子出现在他们的脚下。“跳。”三人瞬间跳到附近的高楼上。明日香惊讶地看着使徒的攻击方式，公路上的任何东西都在缓缓向下沉，让她感到震惊和恐惧。
作战大厅，日向诚大吃一惊：“血型为蓝，侦测到使徒在他们正下方。”赤木律子看着屏幕上的影像：“难以置信，竟然与上条君说的完全一样。”夜天使并没有停止攻击，那诡异的黑色影子在吞噬完街道上的一切后，就连大楼也开始缓缓向下沉去。初号机不停地开枪，不过子弹打完了也没什么用。上条把枪一扔，迅速爬上房顶，绫波丽和明日香也这样做了但毕竟不是长久之计。
上条环顾四周，看见旁边有一座特别高的高楼鹤立鸡群。随即初号机立马一个大跳，跳过去了可结果却是零号机和二号机也跳了上去。“你们怎么都来了？”上条哭笑不得。“我还想问你呢，这地方是我先看上的。”明日香有些不快。楼顶就这么大点地方却站了三台EVA，足以想像有多挤了。“别推我，要掉下去了。”上条叫道。
大楼忽然一沉，上条脚下不稳，一不小心就从楼上摔了下去。还好零号机眼疾手快，一把抓住初号机的手才没让它掉下去。突然大楼又一沉，这次零号机和初号机一起掉了下来但二号机却拉住了他们。但光凭明日香一个显然力不从心所以，三人一个接一个地掉进了影子里。大厅里气氛一片死寂，葛城美里感到一阵头晕目眩，她不得不扶在指挥台上面-如果不这么做她就会瘫在地上了。
不知道过了多久，大厅里突然响起一阵声音：“丽、明日香还有大家听得到吗？”葛城美里充满希望地抬起头：“上条君是你吗？”“当麻你还好吧。”“你是怎么恢复通讯的？”这是绫波丽和明日香的话。为什么在夜天使的狄拉克之海里还能通讯？是因为上条花了四万积分的缘故啦，“我想我能干掉夜天使了。”上条自信道。
上条关闭了与基地的通讯，随即对绫波丽和明日香讲解了一番他的想法。“什么？你居然随身带了一颗N2炸弹！”明日香惊道。“好啦，管不了那么多了。现在要干掉使徒只有这个办法了。”“嗯，我相信当麻。”绫波丽坚定道。于是，“AT力场全开！”三人同时叫道，上条拿出那枚N2炸弹，深吸一口气：“引爆！”
葛城美里和赤木律子正讨论上条的办法是什么呢，突然有人惊叫，所有的人的目光往屏幕上看去。黑影覆盖的大地忽然裂开一道道触目惊心的巨大沟壑，裂口处冒出来的巨大岩石流出鲜红的血液。伤痕在持续增加着，如果这时从上空往下看，就会发现整个黑影正在诡异的四分五裂。这时人们惊恐地发现，天空中那个巨大的球体上的白色条纹消失了，光滑表面上的好几处突然隆了起来，就好像有什么东西要在它体内破体而出。
一阵血肉撕裂的声音，三只巨大的手臂从使徒的体内穿了出来，大量的鲜血从伤口上流了下来，像红色瀑布一样浇在了大地之上。“那是零号机、初号机和二号机的手！”葛城美里惊叫道。夜天使终于禁不住上条、绫波丽和明日香的折腾，在天空中直接爆炸成了一片片的碎块，天空中下起一阵恐怖的血雨。
在血雨中，零号机、初号机和二号机同时做了一个空中前空翻，稳稳地落在地上，初步估计难度系数满分。作战，完美完成。
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