第二天清晨，上条像往常一样早早起床。准备好香气四溢的早餐和中午的便当后，碇真嗣、绫波丽和葛城美里便也相继醒来。上条和绫波丽手牵着手乘电车向学校赶去，两人脸上都露出了幸福的微笑，除了随行的某位单身狗。来到教室后，发现明日香早就到了。而命运的相会，明日香注意到了碇真嗣，她未来的室友。
她看过他的资料，初号机一开始的人选就是这个权二代但被上条取代，一定是因为自己没本事。明日香坐实了自己的猜想，她也没兴趣主动去打招呼。因为她是靠能力当上二号机驾驶员的，才不稀罕去攀附权二代呢。至于碇真嗣倒没什么，虽然觉得她很漂亮但也没有太过惊讶。但是他却很迷茫，他来到这里后除了上课就是待在家里，不知道还能干什么。在学校除了上条这个好友也没人愿意与他说话。四人的相识就此开始。
第一节课开始，明日香按照惯例自我介绍。她走上讲台，微笑着写下自己的名字。转身看着底下的学生们，青春靓丽的脸上洋溢着自信的笑容：“我叫惣流·明日香·兰格雷，今后请大家多多指教。”在讲台上的明日香乖巧可人，像极了一位淑女，看得上条有些意外。明日香走下来坐在了绫波丽的前面。男生们惊叹着明日香的美丽而女生们自然有些小小的嫉妒。
午休的时候，明日香转过身看着身后的绫波丽：“认识一下，我是明日香。”绫波丽面无表情：“我知道，你之前已经介绍过了。”“我还是二号机的驾驶员，你知道不知道？”明日香又问道，而绫波丽只是点了点头却没说话。好吧，明日香觉得这位少女有些奇怪又或者说不太爱搭理人，但是她对上条却有些不一样。
“丽，这是你的便当。”上条拿出两份，一份给了绫波丽后便温柔地说道。绫波丽面露微笑，她渐渐习惯了上条对她的好，她可是上条的女朋友。“哼。”明日香冷哼一声便向上条伸出手心：“我的呢？应该也有我的一份吧。”上条笑着又拿出一份便当递给了明日香，明日香开心地接过后便打开盖子，看着里面荤素搭配的食材顿时食欲大开：“难怪会起那么早，当麻谢谢你了。”她拿起筷子就开动，这时上条刚把碇真嗣的那份递给他。
明日香吃得腮帮子都鼓起来了，还边吃边说：“决定了，我以后的便当就交给当麻了，记得一天都不可以落下哦。”绫波丽听了这话却有些不满，当麻给自己准备是因为自己是他的女朋友，给真嗣君准备是因为两人是好友，你又是谁啊，凭什么让当麻给你准备？不过因为不善言辞，绫波丽只是柳眉微皱但却被上条发现了。他凑到绫波丽耳边小声说了几句，她的柳眉也渐渐舒展开来。然后上条便跟碇真嗣边吃边小声交谈去了。
距第六使徒鱼天使来袭后过了很长的一段时间。在这期间，第七使徒音乐天使、第八使徒胎天使和第九使徒雨天使相继被上条、绫波丽和明日香三人合作击败。值得一提的是，NERV本来想把尚在孵化中的胎天使抓回来研究，但突然急速孵化成型所以只好由尚在岩浆里的初号机来干掉它，过程可谓是有惊无险呐。
这天整个第三东京市陷入了紧张的气氛之中，政府要员和平民们已经开始大规模撤离。因为即将来袭的使徒空前强悍，是从宇宙中来袭的。虽然还没来到地球但其AT力场已经厉害到扭曲光的程度，而降落的地点就是第三东京市。NERV本部伊吹摩耶报告：“经MAGI再次计算，命中本部的概率99.9999%。”此时在大气层外，大规模的拦截已经开始但根本没多大作用。
传回来的消息是N2航空暴雷没取得任何效果。“轨道修正也是不可能吧。”葛城美里一脸凝重。“AT力场集中在目标的一端再加上坠落时的能量，第十使徒直接轰击的爆炸效果预计为直径42万，大地水准面零下一万五千米。”伊吹摩耶分析道，而青叶茂补充道：“岂止地下空间，就连中央的垂直沟也会完全暴露在外。”
“碇司令呢？”葛城美里疑惑道。“受使徒影响，大气上层的电波十分不稳，现在联络不上。”日向诚回答。“这里的状况由我来判断。"葛城美里下达命令：“通告日本政府及各省，以NERV权限发布特别宣言D-17，半径120公里以内的市民迅速避难。”“没问题，政府相关人士早就争先恐后开始避难了。”日向诚报告道。
很快，平民们和非战斗人员已经完成撤离。此时另一边，上条、绫波丽和明日香已经赶到基地，正在战斗准备室换上战斗服。不一会儿，明日香拉开了帘子。火红色的战斗服显现出少女完美的身材，再配上那一头橘黄色火焰般的长发和自信骄傲的气质，上条微微有些失神。就在这时，绫波丽也拉开了帘子。那淡雅而又无邪的气质与明日香一比，真是梅兰竹菊，各擅胜场。
绫波丽自然地搂住上条的手臂：“当麻我们走吧。”说完拉着上条走出了房间，而明日香看得双眼直喷火，这个洋娃娃是故意表现得这么亲密的吗？气死我了。之所以会这样是因为前几天明日香在家洗澡，出门时一不小心滑了一跤。好在上条眼疾手快便抱住了她，不过上条的手碰到了她的胸而又恰好被在客厅的绫波丽看见。
“等等我。”明日香直接冲了出去，几步便追上了上条和绫波丽，眼神里流露出浓浓的醋意但又不知道该怎么表达。不过她很快有了主意，直接拉开绫波丽的胳膊便道：“我们是去战斗不是去郊游，严肃一点行不行？”绫波丽娇哼一声，松开了上条的胳膊而那双红宝石一般的眼眸中流露出一丝丝淡淡的不满。
三人很快来到了一处宽大的广场，三台EVA正从地下缓缓升起。葛城美里走过来给他们讲解作战计划。“什么？用手接住？”明日香瞪大蓝色的眼眸，脸上写满了惊讶。等到作战计划讲述完毕，三人顿时傻了眼。“多余啦。”明日香自信道：“我一个人就能歼灭它。”“不行的。"葛城美里打击道：“单台EVA无法覆盖如此宽广的预测下落范围。”“部署的根据是？”绫波丽难得发表意见。“女人的直觉。"葛城美里自鸣得意道。
“这是什么方案嘛？胜算有多少？”明日香一脸的不满。“只有神知道。”上条满头黑线而葛城美里一副满不在乎的样子。旁边的赤木律子也有些不满，根据计算机的计算即使作战成功也会损失三台EVA，但现在也管不了那么多了。很快，初号机、零号机和二号机便已经全部出动，三人埋伏在不同地点等待使徒降临。
突然，第十使徒空天使的轨道改变，提前降临。上条见状驾驶初号机风一样的向降落点赶去。“什么？比计算的快多了，我这边跟不上。”明日香焦急道，二号机虽然开足马力狂奔，但依然无法提前赶到使徒的降落地点。“交给我吧。我来第一个赶到降落地点。”上条坚定地道。为了不让初号机单独面对使徒，零号机和二号机都在以超越极限的速度向降落地点赶去。
葛城美里指挥道：“紧急增设路线从605到675。”地下瞬间冒出无数钢铁板甲，方便上条的初号机更快赶去指定地点，而另一边的零号机和二号机也在拼命地狂奔着，至于造成的影响就不是她们要考虑的了。终于，初号机及时来到了预定地点而与此同时，空天使也来到了上方一万两千米的高空，上条甚至能看清楚它的外形。
一个巨大而又色彩斑斓的球体现身在了半空中。虽然还没有降落但是已经给地面带来了巨大的压迫。空天使开始降落而周围的地表也开始深陷。“AT力场全开。”上条一声大喝便见初号机双手高举，瞬间一道道多边形屏障展开。“轰隆。”空天使直接撞上了屏障，在巨大冲击力的作用下地表掀起漫天尘土，让人看不清里面状况。
“当麻你要坚持住。”绫波丽暗自担心，而明日香也同样担心着上条。这时的空天使突然加大了冲击力，初号机开始渐渐不敌。“可恶，混帐东西！”上条咬牙硬撑着但却流下艰难的汗水。“难道就到这里了吗？不，我还有要保护的人，还有女孩在等我回去。”上条刚说完就发现四周突然变成了红色空间，前面还有个女人。
“你是？”上条话音刚落就看到那个女人露出了一丝微笑，她嘴里好像说了些什么，上条突然又发现自己回到了驾驶舱。上条不再多想便又专心投入到战斗中，他忽然发现初号机的力量似乎增强了，初号机拼命地往上举着空天使，不让它降到地面上。而空天使似乎察觉到了什么于是…“使徒内部出现高能反应！”青叶茂惊呼道。
“自爆！”葛城美里和赤木律子失声惊呼道。而这时的零号机和二号机已来到了初号机附近，上条听到这话便大喝道：“丽、明日香快躲开。”“可是…”两女有些犹豫但还是渐渐收住脚。“快走啊！”
眼看空天使的能量越来越大后上条喝道：“走，离开这儿！我现在这样没办法保护你们啊！”“当麻你一定要活下来！”绫波丽担心地说完便和明日香转身离开。这时上条看见空天使身上爆发出来的强光，“轰”的一声，三台EVA不见了踪影。
葛城美里看到这一幕，心脏像是被什么握住了一样的疼。她好半天才开口：“赶快搜救。”于是营救队立马赶赴现场救援。“零号机已找到。”“二号机已找到。”可左等右等也等不来初号机的消息。被救出的绫波丽和明日香来到地上绝望的看着这一马平川的地面，上条似乎与初号机一同消失了，泪水慢慢浸湿了两女的双眼。
就在这时，不远处突然传来一声巨响。所有人的目光都被吸引了过去，只见一个巨大的紫色身躯慢慢地从泥土里爬了起来，“抱歉让大家担心了。”上条如是说道。而绫波丽和明日香也露出了开心的微笑。作战完成。
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