虽然碇司令不在，但是NERV的工作却没有停下来。在葛城美里的统筹运作下，重建工作正有条不紊的进行着。但尽管如此，上条还是能感觉到一股迷茫和害怕的气氛。“如果谈判失败怎么办？”这个问题萦绕在每个人的心头，上条也好几次看到葛城美里担心害怕的表情。
碇司令离开后就音信全无，葛城美里每天都在担心政府会不会再次打过来，他承受着巨大的压力。这种提心吊胆的日子过去了四天，到了第五天的清晨，碇司令他们终于回来了。他们带回来一个天大的好消息-NERV终于证明了自己的清白！这条消息公布后，整个NERV上下都松了口气，人们忍不住欢呼雀跃：“战争结束了！”
其实这也算是意料之中的结果，毕竟三人手上都掌握着大量关于SEELE的情报。接下来就不需要NERV再出什么力了，虽然SEELE是一个可以操控联合国的庞大而又神秘的组织，但企图引发第三次冲击便已经是全人类的公敌了。现在他们的阴谋已经败露，等待他们的只有审判和死亡。
接下来的日子变得平静下来，NERV再次得到政府的支持，重建工作也有条不紊的进行着。与此同时，世界各国都开始秘密清除SEELE的势力，而NERV失去SEELE的支持后也无法独立于政府之外，各国的NERV分部都被编入政府部门。而上条却不关心这些，因为碇司令来到他的房间，那张沧桑的脸上有隐隐激动和期待之感。
“人类补完计划结束了，该带唯回来了！”“好，但可以带上真嗣四人吗？”于是碇司令带着五个少年少女来到了初号机的停机舱，“父亲，叫我们来这有什么事吗？”碇真嗣问道，“真嗣，其实你的母亲还活着…”碇真嗣听完便大吃一惊：“我说怎么每次看到初号机就有种亲切感，原来母亲她…”绫波丽有些隐隐的激动，从某种意义上来说，她也是碇唯的女儿。
渚薰一脸等待奇迹发生的表情，明日香却有些小小的失落。上条见状便说：“要开始了，AT力场全开！”上条身上顿时发出耀眼的金光，一股股热浪扑面而来。所有人都吃惊地看着这一幕，尤其是身体绷得笔直的碇源堂。又是那熟悉的海边沙滩，灿烂的阳光依旧照耀在这美好的世界上，上条再度在沙滩上遇见了碇唯。
“唯阿姨，所有的事情都结束了，跟我走吧！”上条对着坐在沙子上的女人道，“那就带我走吧，回到真嗣和源堂的身边！”碇唯刚温柔地说完，两人瞬间被金光所笼罩。上条释放的AT力场渐渐消失，他睁开眼睛便一把回头抓住碇源堂的手，身后张开双翼，两人直接飞到初号机的插入栓旁。“唯阿姨现在就在这里。”在上条的意志下插入栓弹出，驾驶舱的舱门随即打开。
上条花了三十万积分为她重塑身体，此时碇唯正安详地躺在驾驶舱中，和她走的那时候一模一样。碇源堂小心翼翼地把他的妻子抱出来：“唯，我终于再见到你了！”“傻瓜，我一直都在啊！”碇唯醒来便温柔道。三人来到地面后，一家三口终于团聚了！“恭喜主人完成主线任务四，奖励为十万积分。可返回魔法禁书目录世界。”
上条、渚薰、绫波丽和明日香站在旁边静静地看着这幸福的一家三口。上条转过头看着明日香，这个看似坚强，天不怕地不怕的女孩其实心灵也有脆弱的一面。碇真嗣的母亲可以回来但她的母亲再也回不来了。上条把手放在她肩上：“明日香…”少女转过头来看见少年那温柔的脸：“没事的，妈妈一直在二号机里保护着我，这就够了。”这是多么的无奈与悲伤！上条只能把她搂在怀里并分享她的痛苦与哀愁！
碇源堂他们走了过来，上条也放开了刚才小声哭了一场的明日香，只不过渚薰和绫波丽的表情…碇源堂走到他面前：“谢谢！”上条显然没料到堂堂司令会给自己深鞠一躬，连忙道：“哪里哪里。”“你是明日香吧，已经长这么大了，小时候我还抱过你，你记得吗？”碇唯温柔道，“哎！”明日香一惊，“那时你只有五六岁，现在已经这么漂亮了。”“阿姨过奖啦！”明日香笑道。
碇唯把目光转向绫波丽，上条心神一紧，她会怎么看作为她的克隆人的丽呢？碇唯深深地看着绫波丽，然后说：“你就是丽吧，看上去就像我的女儿一样呢。”她张开双臂并把她抱进怀里：“你以后就是碇家的孩子了，做我的女儿吧！”绫波丽被抱在怀中，整个人都愣住了，人生中第一次体会到“母亲”的含义，而一旁的渚薰和上条对视一眼：“这就是人类的感情啊…”
碇唯“复活”并未引起太大动静，除了极少数核心成员外，NERV没人知道她。日子一天天过去，NERV的重建工作十分顺利，政府也开始了对NERV的改革。联合国出台了《EVANGELION禁止法案》，四台EVA、亚当、莉莉丝和朗基努斯之枪被沉入太平洋海底，永久地封印起来。NERV重组为一个全新的科研机构，依旧附属于联合国，继续研究生命进化学。
碇源堂依旧掌握着NERV，只不过不该叫“司令”而应该是“NERV研究院院长”。冬月耕造辞去了职务并干回了老本行-老师，不过在那还挂着个顾问的名头。葛城美里和碇唯做了副院长，真是可喜可贺，赤木律子依旧是首席科学家，加持良治真正为政府内务部做事，日向诚、青叶茂和伊吹摩耶自然也留了下来。
NERV重建完毕后，日本启动了“第四新东京市”的项目，重建的市区就坐落在地下世界的战场上，那个“金字塔”旁边。政府似乎想要打造出一个国际科研都市，此计划得到了联合国的支持，一栋栋高楼在第四新东京市拔地而起。而上条、绫波丽、碇真嗣、明日香和渚薰也回到了以前，他们都在市立第一中学就读哦。
一晃半年过去了，绫波丽和碇真嗣住在了碇家，上条、明日香和渚薰住在了分配给他们的公寓里。一个星期六，上条和渚薰穿上西装，明日香穿着礼服长裙--没错，加持和美里要结婚了！他们出门搭车前往婚礼举行现场-NERV本部，那里可是有专门的大礼堂哦。他们在礼堂中转了一圈就看到碇院长一家，真嗣与他的父亲正亲密地交谈，碇唯和绫波丽手挽着手，就好像一对真正的母女。
真嗣和丽看到了他们三人便主动过来，绫波丽亲密地搂住上条的左臂，明日香冷哼一声便搂住上条的右臂，没错，明日香在这半年里成了他的另一个女朋友。而真嗣和渚薰则在一旁欢快地交谈着。婚礼开始了，礼堂里忽然响起了一阵婚礼进行曲，五人不约而同地朝礼堂大门口看去，大门缓缓打开，一对新人缓缓入场。
一身洁白西装的加持挽着穿着雪白婚纱的美里走入现场，在场的所有嘉宾都发出热烈的掌声，尤其是当年的那些部下、上司和战友。婚礼进行的很顺利，几个小时过后，宾客们也开始纷纷告辞。礼堂里最后还剩下加持、美里、五位少年少女和碇家人。他们都在热烈的讨论着未来的事情，除了一位仰望星空的少年。
“当麻，你好像有心事。”绫波丽和明日香同时走过来并关心地问道，“是啊，大哥你有什么事可以说嘛。”“上条君是我们两家共同的恩人，有什么事我们帮你解决！”渚薰虽然没开口但也看向上条，眼里流露出一股想报恩的意思。上条看着他们关心的样子，缓缓开口：“我要走了，其实我不是这个世界的人…”此话一出，不可谓不惊，但要仔细想想，也许还有几分道理。
为什么他知道那么多？为什么他对使徒那么了解？为什么他知道世界上所有的秘密？这些问题似乎随着上条的讲述而得到了答案。“当麻，不是说好要在一起的吗？难道我们再也见不到了吗？”绫波丽一把扑进上条的怀里，不舍地道。而明日香却一副欲言又止的样子。上条道：“如果你们愿意跟我一起走的话，我们就可以在一起了。”“真的吗？”“真的。”“那我跟你一起。”
绫波丽表完态后，上条看向明日香：“明日香，我…”明日香想了想后坚定地说：“我也跟你一起，我才不会让优等生独占你呢。”噢，好吧，等你们见到丽娜丽、莉雅丝、伊卡洛斯、食蜂操祈和茵蒂克丝时，就不会这么想了。上条与两女眉心之间的白光交织在了一起，联系达成。“恭喜主人完成隐藏任务：所有人的幸福生活，奖励五万积分。"系统提示道。
“大哥，在那边多保重，我们全家都会想念你们的。”“好好照顾她们，我和美里也会想你们的。”“再见了，上条君，谢谢你为我做的一切。”上条看着面前的挚友和战友：“再见了，大家！”话音刚落，上条三人和对面六人挥手告别，在一阵耀眼的白光后，他们消失在了这个世界。
外面，星光点点，好似在祝福着那历经战斗与危险的恋人们！
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