随着上条的怒喝，就仿佛感应到上条的召唤一般，在百米之外的初号机停机舱中，原本处于沉眠中的初号机，一双眼睛陡然亮起。作战大厅中，伊吹摩耶观察到了初号机的异常现象，她不敢相信地大声报告道：“难以置信，初号机启动了！”
“什么！”葛城美里脸色大变，她立马凑到伊吹摩耶的电脑前。屏幕上，初号机已经拆除了身上所有的固定器。接着迈开大步，急速朝三号机那边跑去。“怎么回事？初号机应该已经被冻结，而且又没有驾驶员…”葛城美里突然想起刚才初号机脸上那若有若无的焦急神色，“赶快把画面调到三号机那边。”“明白。”
碇真嗣一脸懵逼地看着上条，他刚想开口问上条这是什么情况来着，结果就听到了停机舱外的“咚、咚、咚”的声音。“大哥，那是什么声音？”碇真嗣惊恐道，才刚问完，然后他就听到“轰”的一声巨响，三号机对面的墙壁猛地爆开，一台巨大的紫色EVA粗暴地闯了进来，正是初号机，右手上还拿着一根脐带电缆。
看清楚初号机的模样，碇真嗣大吃一惊：“初号机！怎么会！大哥明明在这里，那么是谁在驾驶？”他扭头看着站在停机栏上的上条。上条露出笑容，黄金双翼展开便飞到了初号机的左肩膀上。“没人在驾驶，是我在控制初号机。”上条对真嗣解释道，“控制？可大哥你根本没有坐上去啊？”碇真嗣无法理解上条的说法。
上条拍拍初号机的左脸：“我现在就算不坐在初号机里也能操纵它。”这自然是上条融合渚薰后得到的新能力，不过目前只能与初号机无缝连接。“现在不是讨论我新能力的时候，明日香只剩下最后的30秒了！”初号机在上条意念下直接抓住三号机的右手，于是上条的脸色瞬间凝重起来：“抓紧了真嗣，接下来就要飞了。”
“飞？”然后他就听到上条大喝一声：“AT力场全开！”随即初号机的背后直接伸出一对巨大的黄金双翼，在金光照耀下的初号机就像下凡而来的天使。此时双翼用力一扇，初号机和三号机立马腾空而起。距二号机陷入沉默只剩不到30秒，所以上条选择了最快速的路线-直接从NERV的内部冲出去并到达地表。
伊吹摩耶满脸震惊的神色，在她身前的屏幕上，代表初号机的红点正以摧枯拉朽之势突破NERV一层又一层装甲。“难以置信，初号机已经突破了24层装甲，即将到达地表！”她惊讶道。与此同时，二号机与量产机的战斗也到了尾声。她已经“击杀”八台量产机，只剩下最后一台。“最后一个，给我去死！”明日香发出猛兽般的咆哮，二号机迅猛地打穿了最后一台的肚子。
就在这时，在二号机身后的不远处，一台脑袋被明日香打爆，本应死去的量产机忽然活了过来。它悄无声息地从地上慢慢爬起，抓起身旁的双刃巨剑并向明日香掷去。明日香早就察觉到身后有动静，她迅速转身并猛地一挥手，一道AT力场瞬间出现并挡住了双刃巨剑。突然，那剑扭曲变形成了一把鲜红的朗基努斯之枪！
明日香顿时惊慌失措，朗基努斯之枪无视任何AT力场防御，也就是说二号机同样无法抵挡！就在这千钧一发之际，随着惊天动地的一声巨响，NERV的“金字塔”瞬间炸开，初号机和三号机猛地冲了出来。上条刚出来就看到这心惊胆战的一幕，初号机立马把三号机扔了下去并同时在左手凝聚出一把金色的朗基努斯之枪，直接向明日香身前的那个扔了出去，此时三号机刚好降落在地表。
两把同样都是假货的朗基努斯之枪在空中相撞，瞬间爆发出一股无与伦比的能量，一团金色与红色交织在一起的光芒在二号机身前轰然炸开，两枪均已消散。“当麻和真嗣！”明日香脸上露出喜悦的表情，“没事吧，明日香！”初号机宛如神兵天降般降落在二号机旁，此时三号机也赶到了。落地后，上条便收起了双翼，毕竟AT力场全开是非常耗体力的。
“你们真够慢的，战斗都快结束了。”明日香一脸傲气地道，“是吗，你确定？”上条的声音在AT力场的作用下变得很大。明日香顺着上条指的方向看去，她惊愕地看到那些被“击杀"的量产机突然活了过来。有的被砍掉了脑袋，有的胸口被打穿。这些伤口放在量产机身上好像根本没有用，它们张开嘴的同时露出了诡异的微笑。
“它们不会杀不死吧！”“这些家伙都搭载了S2机关，想杀死他们极难，不过还没到不死之身的地步。”“会复活很了不起吗？复活一次我就杀一次，当麻和真嗣掩护我，我打头阵。”明日香士气大增地道，于是二号机刚冲出去两步就倒在地上，“呃…我没电了。”二号机彻底沉默。“电缆给你，量产机我来解决。”上条冷喝道。
上条拍拍初号机的脸，初号机的脊椎插入器顿时打开了，插入栓弹了出来。上条轻车熟路地进入了驾驶舱并坐在座位上。要想发挥出全部实力，必须得坐进驾驶舱。上条猛地一推操纵杆，初号机立刻闪电般的冲向最近的一台量产机。左手像铁钳一般抓住它的脖子，右手变作尖刀插入胸口。上条露出嗜血的微笑，右手一抽，一节白花花的脊椎和插入栓被拉了出来。
失去傀儡驾驶员系统后，量产机立刻沉默了下来。上条毫无犹豫地捏碎系统：“第一个。”上条冷喝道…明日香在二号机的驾驶舱里又踢又打，她以驾驶EVA战斗为骄傲，但现在却像个缩头乌龟，怎么能不气呢。虽然不承认但很担心他们俩，突然插入栓里亮了起来，她一抬头就看到三号机的黑脸，“明日香，没事吧？”
明日香摸到了身后的电缆随后问道：“真嗣，当麻在哪里？他一个人打得过九台量产机吗？”“你自己看一下就明白了。”碇真嗣笑道，明日香从地上爬起来就看到…八台量产机横七竖八地躺在大地上，白花花的脊椎和插入栓碎了一地，最后一台被初号机扯断了双手，随即傀儡系统被拔了出来并被捏碎。战斗，初号机完胜！
作战大厅里的众人一副震惊的表情，与其说是战斗倒不如说是游戏。初号机轻松地走过去然后再把插入栓给…这个过程如同行云流水般简单。可上条展现出的强大实力让每个人背脊发寒。青叶茂：“幸好他是我们这边的。”日向诚：“竟然一个人就…”葛城美里：“而且是以最高效的方法…”碇源堂与冬月同样目睹了初号机的战斗，饶是他们的城府也不禁露出吃惊的表情。
“这就是神的力量吗？使徒的力量加上人类的智慧，现在就算零号机、二号机和三号机联手，也不一定是初号机的对手了吧！”“这个少年是独一无二的，他也许值得信任。”“这么轻易的相信别人，可不像你的风格。”冬月惊讶道，“我只是相信唯的选择罢了。”碇源堂慢慢说道。与此同时，初号机好像发现了什么。
在一座小山后面，一辆军绿色的指挥车隐蔽在树林间。“作战失败了啊！”一位将军看着被EVA吓得四散奔逃的人群道。这时从EVA里面传出一位少年的声音：“你是这次作战的指挥官吧。”“不错，我就是。”将军挺起胸膛。初号机低下头，背后的插入栓突然打开，一位少年从里面出来，初号机把他放在了地上。
一见驾驶员出来，刚才逃跑的士兵们立即端着枪不要命地冲上来，众多枪口指向少年。但上条却不慌不忙道：“你们从上面得到的命令应该是NERV要引发第三次冲击吧。”“没错。”“笨蛋，你们被骗了。”说着上条便掏出一个U盘扔给了那将军，“这里面有什么？”“回去看了就知道了。”将军深深地看了他一眼：“撤退。”
第一师团开始有序的撤出NERV，其实以三台EVA的实力完全可以全歼他们但上条不想这么做，而碇司令也没下令追击。上条刚回到驾驶舱，二号机和三号机便来到初号机身旁。明日香杀气腾腾道：“为什么要放过他们？”“现在消灭他们有什么意义吗？泼在我们身上的脏水必须洗下去才行。”“可是他们会信U盘里的东西吗？”
上条回答真嗣的疑惑：“这个就不知道了。看了总比没看好，接下来就不用我们操心了，你爸和美里姐会跟上面那些大人物周旋的。说起来你们看到丽了吗？”小屏幕上，碇真嗣和明日香摇头道：“没看到啊。”上条的心中突然涌起一股不好的预感：“系统，丽她现在在哪里？”紧接着，“在最终教条区。”
“不好，丽要回归莉莉丝！”上条心中一惊，同时驾驶初号机朝着NERV狂奔而去。明日香和碇真嗣虽然不明白上条为什么这么急，但他们觉得也不是什么好事。所以两人紧追上条而去。
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