东京，正午，加持良治戴着顶草帽，渚薰戴着鸭舌帽。两人来到一个小卖部，里面虽然没有人但加持掏出钱放在柜台上。渚薰打开冰箱并拿出两根冰棍，与此同时，加持从包装袋上取下了什么。两人随即离开了，嘴里还吃着冰棍。
深夜，葛城美里家中。上条等人已经就寝，但绫波丽却没有。少女拿着碇司令留给她的那副眼镜，晶莹的泪水突然夺眶而出。这时，少女开始用力地握着眼镜，她每流一滴泪，心中的痛苦便增加一分。眼睛被她握得支离破碎，玻璃碎片扎破了她的手，但少女的泪水却冲掉了鲜血。“我不是你的玩具。”绫波丽决然道。
凌晨五点，全息会议室。碇源堂坐在一片黑暗中，冬月站在他身旁。在他们的周围漂浮着十二块黑色的墓碑。每个墓碑上都有一个鲜红的数字，从01到12，再加上碇司令这位13，正好象征着耶稣的13位门徒。01的基路议长：“约定的日子到了，碇源堂。”碇司令：“人类应该迈向更光辉的未来，EVA就是为此存在。”他试图说服SEELE但…“谈判破裂了呢。”“意料之中。”
六点，上条准时醒来。因为碇司令发布了“禁止所有人员进出本部”的命令，所以美里一家五口全部睡在NERV四层。与此同时，系统长达一星期的身体检测也终于结束。“主人，这是检查结果：拳力5~6t，踢力8~9t，速度100m/s，跳跃力20m…”上条听完后说：“系统，开始了吗？”“已经开始了。”整个基地响起刺耳的警报声。
整个作战大厅在警报声中忙作一团，日向诚、青叶茂和伊吹摩耶紧张地在各自岗位上忙碌着。葛城美里几乎以百米冲刺的速度跑进来：“发生了什么？”日向诚：“有不明终端入侵本部网络！”青叶茂：“所有外界终端都被数据入侵，连接外界的线路正在被切断！”“网络战…想让我们变成瞎子和聋子吗？对方是冲着MAGI来的。”葛城美里脸色阴沉。
伊吹摩耶：“检测到攻击数据来源！”葛城美里转头一看：“是松代的MAGI二号机吗？”伊吹摩耶：“不，检测到至少五种MAGI型机组！”“五种！”葛城美里大吃一惊。“SEELE这次下了血本了。”伊吹摩耶：“现在，赤木前辈正在MAGI内部署防御系统！”“律子…”她快步走到第二层边上，看到了赤木律子在第三层那三台超级计算机那。这时，日向诚的脸上忽然出现惊愕表情…
“入侵终端传来一份第二新东京市的A-801通牒！”葛城美里眉头一皱：“A-801？”“废除特务机关NERV的一切法律保护，现裁定NERV为非法组织，并将其移交给日本政府指挥。”日向诚快速解释。葛城美里飞快的读完这份通牒，气得银牙紧咬：“看来这就是最后通牒。”伊吹摩耶听完日向诚的解释就露出惊恐的表情。
“为什么政府要这样做？”这个可怜的女孩儿还被蒙在鼓里。葛城美里看了她一眼，虽然没有解释但是她很清楚事实。一切全部都是SEELE所为，他们的目的就是占据本部然后得到EVA、亚当和莉莉丝。如果想要完成人类补完计划并发动第三次冲击，亚当和莉莉丝都是必不可少的，但这还只是开始，真正的动作还在后面。
果然在网络战打响后，地面战也开始了。刺耳的警报声再次响起，大屏幕上，外部监视器的小屏幕一块接着一块的变成雪花，失去联系。“第7到第18观测站失联！”“强罗防线附近发现一支不明炮兵部队！”“御殿场附近发现两支不明步兵大队！”在一份又一份的敌情报告中，碇司令依旧面沉如水地坐在他的位置上。
冬月不紧不慢地说：“果然，人类的敌人最后还是人类。”“全员进入第一战斗部署。”碇司令下达命令。“第一战斗部署？可对方不是使徒是人类！”伊吹摩耶难以置信地小声说道，可日向诚来了一句：“对方可不这么想。”NERV本部建立之初是为了抵抗使徒，面对使徒是坚不可摧的堡垒，但面对人类却不堪一击。人类没有使徒的破坏力，但比使徒更懂得如何杀人！
战斗开始后，面对精锐的陆军第一师团，NERV的防御根本如同虚设。NERV各处失守的消息一个接一个传来。“南部中转站失守，至少一个大队的敌人入侵！”“五号输送管道爆炸！”“入侵部队已进入本部第一层！”葛城美里听着战报快速部署：“西边守卫赶快撤离并炸毁通道。对方目标是EVA的话就会狙击驾驶员。”她看向日向诚：“让真嗣赶快登上三号机！”“明白。”
她又看向青叶茂：“上条君和丽呢？”“第一适格者绫波丽目前下落不明！”青叶茂说，“什么！赶快找到她！上条君呢？”话音刚落，她身后的自动门就开了。上条像风一样进来，“你怎么来这了？”“我来看看有没有什么能帮忙的。”“你能帮什么？赶快去初号机那！”她又看向青叶茂：“明日香呢？”“呃…在第二层休息室敷面膜！”
这时伊吹摩耶说：“已接通明日香的手机。”葛城美里火冒三丈地抢过通讯器，大吼道：“明日香！你可真会挑时间敷面膜！”“你以为我想啊，谁知道SEELE会这时打过来，面膜还没干呢。”明日香委屈地道。“行了，你赶快登上二号机。”通讯器里传来明日香粗重的喘息声，她似乎是一边跑一边说话：“我正在往二号机的停机舱赶，马上…不好！前方有敌人！”
葛城美里听到通讯器里传来自动步枪开火的声音，随后通讯就挂断了。青叶茂：“敌人已侵入第二层，正在向明日香那边快速移动！”“明日香！明日香！可恶！”葛城美里大叫两声但却没收到回应。紧接着她拔出配枪，咔嚓一声拉上枪栓，对日向诚他们说：“我去找她，你们在这盯着。”她刚想走却被上条拦住。
“这不就是我需要帮忙的事？”葛城美里担心道：“可是你一个人能行吗？等等，这太危险了，不行！”可上条身后已展开了金色双翼并飞在了半空中：“美里姐，你难道忘了吗？我现在可是使徒。你就呆在这里等我的好消息吧。”
说完，一道金光闪过。作战大厅里已经没有了上条的身影。“一定要平安回来！”葛城美里祈祷道。
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