这个周六的第三东京市，又一次响起了使徒袭击的警报声。上条他们赶到NERV的时候，整个作战大厅都弥漫着压抑的气氛。上条抬头一看，碇司令还是那副经典的“不好啦，我的手又黏在脸上了”的冷漠表情。
这时，主控台前的日向诚突然大声喊道：“已获取到使徒影像。”众人立马向大屏幕上看去，然后上条就看到在一片茂盛的森林上空，一条发光的圆环正在缓慢盘旋着。上条顿时吃了一惊，来的使徒不是第十四使徒力天使和第十五使徒鸟天使，而是第十六使徒子宫天使。
子宫天使的能力十分特殊，就连上条都不清楚它真正的能力。原剧情中，子宫天使在攻击零号机后试图与它融合，它甚至还想复制绫波丽的心。最后绫波丽用反转AT力场的方式把它困在零号机体内，并自爆与它同归于尽。第二个绫波丽牺牲后第三个就出现了，但是她完全不记得之前的事，再度变回了毫无感情波动的少女。
这一次，上条绝不允许悲剧再次发生，“你会帮我的吧，初号机。”没人发现，初号机的双眼似乎闪了一下下。虽然十分突然但NERV这边却并不是零号机孤军奋战而且，上条和初号机可是最大的变数。在葛城美里的命令下，四人迅速换上了战斗服便登上EVA，从不同的弹射口弹射了出去。同时，三人组正在密切观察使徒。
青叶茂：“目标使徒在大涌谷上空滞留，持续做定点盘旋。”日向诚：“目标使徒的AT力场依然健在，模式从蓝色到橘色，呈周期性变化。”“这是为什么？”葛城美里面露疑惑。伊吹摩耶：“MAGI无法回答，数据不足无法导出答案，唯一能确定的是使徒的形态并非固定的。”
葛城美里盯着屏幕上的使徒，为难道：“这么说…不能先攻击了么？”这时地面上，四台EVA已完成了对使徒的包围，上条的初号机拿着杆狙击步枪躲在一座山后，趁着间隙在公共频道里说：“明日香、真嗣和丽，你们听好。绝对不许和使徒有物理接触，因为这样的话使徒会与你们进行融合，那样一来就非常糟糕了。”
上条刚说完，旁边就弹出四个小屏幕。葛城美里惊讶道：“上条君，你是怎么知道的？”上条：“美里姐，不管我是怎么知道的，总之我说的肯定没错。”葛城美里沉吟了下道：“都听到了吧，记得采用远程火力消灭使徒。”三人齐道：“明白。”虽然上条不想解释自己的情报是哪来的但是因为夜天使事件，使他们莫名对上条有了无条件的信任感，如今他们再次选择相信他。
“丽，作战时你尽量离它远点，不要问为什么。”少年在通讯关闭后单独对少女说道，“知道了，当麻。”她虽然不懂为何上条说这话但还是答应了下来。初号机趴在山上观察着子宫天使，这时盘旋在山谷上空的光环突然断开，变成一根发光的绳子，远看的话就像一条灵巧的蛇。上条脸色瞬间大变，他知道这是使徒攻击的讯号。
“砰砰砰”三枪，闪烁的子弹以肉眼见不到的速度打向它，但子宫天使细长的身躯使它难以被击中，子弹擦着它发光的身体飞过，在后面的山顶上炸出一片火光。然后令上条心惊胆战的事发生了，子宫天使直接飞向了零号机，“丽，小心！”上条大喊道。可使徒的速度太快，没给她任何反应的时间，瞬间穿透了零号机的AT力场，像一把发光的剑插入了零号机的小腹。
然而绫波丽也没束手待毙，她驾驶零号机一只手抓住它细长的身体，一只手举起狙击步枪对着使徒连开数枪但很遗憾，这并没有任何用处。子宫天使更加奋力地钻入零号机小腹，在钻入点的周围凸起大片血管一样的东西，同时在绫波丽身上的同样地方也浮现出来。少女感觉有什么东西进入了体内，瞬间失去了所有力气。零号机扑通一声，无力的坐在了山坡上。
作战大厅内的众人都被惊呆了，葛城美里焦急地大喊：“零号机的AT力场怎么样？”伊吹摩耶：“已经展开，但是正在被使徒快速侵蚀！"赤木律子不敢相信：“难道使徒是主动寻求与它的物理接触！”“丽！”上条惊慌的大喊一声便丢掉步枪，一个箭步就冲了过来。少女看到初号机狂奔而来，一边抵抗一边虚弱地说：“当麻不要过来。”然而上条是心急如焚，初号机直接冲到零号机前边，也不管三七二十一，两手一把抓住了使徒的尾巴。
初号机刚抓住使徒，上条就感受到一股诡异的力量和精神正侵入身体。然而，上条体内的龙王之力却突然暴起，硬生生地把侵蚀力顶了回去。高傲的龙王所选择的宿主岂能被玷污，上条眼见这龙王之力自动护主便更加卖力地拽着子宫天使。这时二号机和三号机也想过来帮忙，“明日香、真嗣，别过来！”上条可以免疫使徒的侵蚀但他们却不行。
绫波丽一见此景便惊慌得脸色苍白：“当麻快住手！你也会被侵蚀的。”“怎么可能住手？我一定会保护好你的！”上条咬着牙道。绫波丽见上条死活不肯放手，竟然放弃了抵抗！作战大厅，伊吹摩耶不敢置信的看着屏幕上的数据：“使徒正在快速与零号机融合，双方已经融合了5%。”“丽，你疯了吗？”上条大喊一声。
小屏幕上，绫波丽脸上出现无尽的悲伤：“对不起，当麻。我不能和你在一起了，就算我死了也还会有新的替代。”“闭嘴！你可是我的女朋友，我们已经说好了要永远在一起的，我不能眼睁睁地看着你死！”绫波丽愣住了，她第一次看见上条这样的强势。此时初号机的内部，一个女人缓缓苏醒。她似乎看见了什么，嘴角露出一丝微笑的同时说了些什么，随即…
上条突然感到一股力量涌入体内，同时体内的龙王之力再度运转，竟开始主动与少年融合！“主人，赶快静下心来。如果能与龙王之力完全合体，将会有很多好处。”上条一听提示便这么做了，龙王之力在他体内飞速运转着的同时融合度正快速提高。初号机似乎也受到了影响，拽着使徒的同时身体浮现出道道紫光。初号机的变化众人都看在眼里，但却不懂该怎么办。
“系统提示，融合度50%、60%…100%。”终于，上条和龙王之力完全合体！如果上条死了，龙王之力也会随之消散。“丽，我来救你了，喝啊啊啊！”随着上条一声大喝，初号机也仰天长啸一声。道道神圣的紫光从初号机身上飞射出来，缠绕在它周围，仿佛一尊战神降临于世。“同步率100%！”青叶茂大吃一惊地叫道，众人仿佛看到奇迹一般的傻傻地站在那里。
“给我出来！”初号机奋力一拔，居然活生生的把使徒拽了出来但还没完。“你想融合是吧，那我来。”初号机直接就把使徒按在了肚子上！“不，当麻住手！”绫波丽惊慌失措，碇真嗣和明日香也吓得呆呆的站在那里。突然，初号机身后的紫光更盛，疯狂地从体内暴涌而出并开始在空中凝实成形。一股股狂暴的气势从初号机体内爆发而出，紫光成形之时天地为之色变。
那是一个狰狞可怖的巨大龙首！当这龙首一出现，一阵仿佛能把世界都撕裂的气势爆发，就连身处EVA的三人也感到呼吸凝滞。子宫天使想逃跑，可上条岂能让它如愿！初号机仰天狂啸一声，随即使徒就像一条鱼一般的被整个吸收进了体内。当它被初号机完全吞噬，那个龙首发出一声狂暴的龙吟。随即从初号机身上爆发出强烈的紫光笼罩了整个第三东京市。
葛城美里绝望地看着毁灭一旦的市区：“搜救队赶紧出动。”随着时间的过去，一声声通讯发回基地：“零号机已找到。”“二号机已找到。”“三号机已找到。”可左等右等都没有传来初号机的消息，碇真嗣坐在EVA里惊恐道：“大哥他不会死了吧？”“笨蛋真嗣，说什么呢。”明日香斥责道，绫波丽泪流满面：“不，当麻…”坐在作战大厅的日向诚突然大叫：“发现不明生物，血型为蓝色，是使徒。”众人立马脸色大变。
屏幕上，一个巨大的身影出现在了毁灭的中心。葛城美里惊喜道：“初号机，上条君！”青叶茂朝日向诚笑了笑说：“诚，你怎么了？眼花了？”而日向诚看看屏幕又看看电脑：“这怎么可能？这怎么可能？”赤木律子注意到了他的反常，眉头一皱：“怎么了日向？”日向诚像僵尸一般转过脑袋，满脸的不可置信的说道…
“MAGI显示初号机血型为蓝，初号机就是使徒…不，初号机连同驾驶员在内，都成了使徒。”青叶茂和伊吹摩耶也看向电脑：“不可能，竟然真是这样。”瞬间，作战大厅陷入死一般的寂静。
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