（PS：原著剧情时间线，已更新至2013年，非原创）
故事初始约十几年前
威廉·奥维尔在俄罗斯西部支援了被俄罗斯成教部队追杀的魔法结社“占星施术旅团”并一人击溃了俄罗斯成教的精锐部队。
同一段时期也在法国中部阻止并歼灭了将无辜少女作为“贞德神谕”试验品的法国最大魔法结社奥尔良骑士团。
故事初始约十年前
威廉·奥维尔在多佛尔海峡法国侧解救了被西班牙星教派袭击的英国三公主薇莉安。此后，拒绝了成为“骑士”的邀请离开了英国，为了从外部保护英国而加入了“神之右席”，后以“后方之水”称呼。
英国清教所属十三骑士团之一的先枪骑士团（1stLancer）前往日本的一个小山村内找到了站在灰烬之海中的少女:姬神秋沙。
故事初始几年前（御坂美琴童年时代）
童年的御坂美琴出于好心将自己的“DNA样本”提供给了不知名的研究所，引发“量产型能力者计划”启动。
故事初始几年前（食蜂操祈少年时代）
“量产型能力者计划”第一个实验体“妹妹”0号（多莉）诞生，由于出生时的缺陷，“妹妹”0号身体中不得不植入特殊的机械来维持自己的生命。
在研究员的安排下，同在一间研究所的食蜂操祈与孤独的多莉成为朋友，熟悉后的多莉亲昵的称呼食蜂为“小咪”。（很可能是食蜂利用心理掌握的能力将自己伪装成多莉过去的友人，不过多莉似乎早已发现了这个谎言）
与食蜂一同玩耍的多莉因克隆人的寿命到达临界点而开始倒下，昏迷前的多莉希望食蜂操祈能够告知她的真名，看到唯一好友被带走的食蜂消沉下来，不知何时，前来的女研究员告知她多莉已经死亡的消息。
依靠自身能力独自调查的食蜂从研究员团体“才人工房”口中得知了“Exterior实验计划”的完成需要依靠食蜂以及多莉，而且该实验完成时自己也会被无情的处理掉。
为了自己目的的食蜂开始反击，将“Exterior实验计划”有关联的人全部洗脑并置于自己的暗中支配下（而且无论用何种手段被洗脑者也不会说出有关于实验的任何情报），做好以上计划的食蜂操祈进入常盘台学院就读。
故事初始约三年前（禁书目录动画剧场版《恩底弥翁的奇迹》）
已经活了1000年的不死者魔女雷蒂丽·唐格罗德为了获得死亡的解脱在学院都市企业“星轨之门社（Orbit Portal）”开发的试验性航天客机“猎户座号”上动手脚，实验自己能不能自杀成功，引发航天飞机降落时的坠机事故。
坠机事故发生时机长代达罗斯·赛昆齐亚之女莎特奥拉·赛昆齐亚以自己的“愿望”创造出了一个“愿望”的集合体女孩鸣护·艾丽莎，艾丽莎歌唱所引发的“奇迹”让机上的88名乘客与机组成员全都安然无恙，但其代价是莎特奥拉失去了自己的父亲以及音感，事故后为了纪念此次“奇迹”而被称为“88人的奇迹”。（莎特奥拉之父的死亡因为报道的错误的而被抹去了记录）
引发“猎户座号事件”的雷蒂丽·唐格罗德虽然觉得自己的实验失败，但却对诞生的非人类鸣护·艾丽莎产生浓厚的兴趣，之后将濒临破产的“星轨之门社（Orbit Portal）”收购，开始建造世界第一座宇宙电梯“恩底弥翁”，希望借此发动可以让整个北半球毁灭的魔法阵，借此实验自己能不能死去，而其魔法的核心则准备利用鸣护·艾丽莎来担任。
故事初始约一年前 秋季至冬季
超能力者（LV5）中排名第一位的一方通行受邀参加了“绝对能力实验计划”，在研究所的初次实验中将妹妹（1号）杀害。
超电磁炮漫画番外篇《两个新人的研习》
白井黑子与初春饰利在风纪委员训练所初次相识，之后两人与固法美伟前辈在邮局办事时卷入抢劫案，由于白井在对峙劫犯时过于鲁莽导致为了保护她的固法前辈受伤。
在某位路过的超能力者（美琴）暗中帮助下，白井制服拥有“绝对等速”能力的抢劫犯，案件告破，而白井的“空间移动”能力也在这次事件中得以显现。
1月、第三个星期五
无能力武装集团“Skill Out”三笨蛋（驹场利德、滨面仕上、半藏）半夜盗窃ATM机被警备员黄泉川爱穗逮捕，三人关押后半藏透露自己对黄泉川一见钟情。
2月、第一个星期五
英国·伦敦
神裂与牛仔裤店店长遇见了剪牛仔裤魔:自称瓦尔基里的少女，由于被少女和店长的色情言论所挑衅，愤怒的神裂将店长和少女一同讨伐。
2月、第四个星期五
意大利·米兰
在外国出差归途中的上条刀夜想在魔草调配师芭尔比娜处购买奇怪的土特产送给儿子当麻，与追捕芭比娜的上司：罗马正教修女丽多薇雅·罗伦婕蒂相识。
有些担心自己儿子的刀夜向修女吐露出了心中的烦恼，太过热心的丽多薇雅听完后将芭尔比娜的灵装”黑色软泥“作为幸运附身符赠送给他。（魔法“天使坠落”形成原因之一）
3月、第三个星期五（3月15日）
削板军霸（能力：念动炮弹，排名第七位的超能力者）在小巷内将遭到抢劫的原谷矢文救出，随后只用三拳就将不良头目：自称对能力者战斗专家的横须贺打倒。
4月、第一个星期五
巴西·里约热内卢
贫穷的巴西少女伊捏丝想对作恶多端的黑道进行复仇时被自称综合顾问的御坂旅挂所阻止。
听从旅挂建议，伊捏丝日后以回收废旧家电事业为基础白手起家成为了成功商人，开始向记者讲述这一段趣闻。
4月、第四个星期五
白井黑子在自己学校专属的美容院内理发，并和理发师坂岛道端闲谈一些关于"原石"以及冷战时代开发超能力者等等传闻。
5月11日（8月11日的三个月前）
妹妹（9982号）在某研究所内诞生，后听从女研究员的命令，妹妹（9982号）着手处理数十位“妹妹”的尸体。
5月、第二个星期五
意大利·米兰
本应成为“魔神”男人欧雷尔斯从人贩子手中解救出100多个小孩子，将小孩子们交给同居的席薇亚（圣人，同时也是英国王室派的皇家侍女）后，奥莱尔斯离开了米兰城去完成某件事情。
5月、第三个礼拜五左右
滨面仕上与追随自己好友半藏而来的女忍者小郭首次相识。
5月、第四个星期五
滨面仕上关于自己的好友半藏是不是“超级忍者”的猜想，被女忍者小郭用色诱术消除。
5月-6月之间某日（设定中冬服与夏服换装的时段之前）
“量产型能力者计划”的参与者布束砥信陪同一名“妹妹”从实验室出去进行“外部实习”，在谈话间被“妹妹”的单纯所感染，有了拯救她们的想法。
6月、第二个星期五
具有黑客技术的工山规范为了证明自己的技术开始挑战学院都市传说中的电子领域“守护神”（极有可能是初春饰利），败北后被警备员逮捕。
6月17日左右
御坂美琴（能力：电击使，排名第三位的超能力者（LV5））在路上遭到不良少年们的搭讪，路过此处的上条乱入想帮忙，两人的孽缘从此开始。
有些不爽上条乱说话的美琴激怒时放出的电流被他的“幻想杀手”能力消除，引起美琴的注意，此后两人数次见面都会演变成“遭遇→决斗→追逐”这样的循环模式。
7月1日—3日（超电磁炮外传小说《能力实演旅行篇》）
俄罗斯东部某城市·学院都市驻俄罗斯协力机关购物中心（window-shopping）
美琴独自受邀来到俄罗斯东部协力机关购物中心（window-shopping）参加学园都市与其协力机构共同举办的能力演示会，并遇到了魔法结社“新生之光”的魔法师蕾莎等人。
中途美琴卷入了由法国协力机构策划的利用核武器袭击学园都市的巨大阴谋中，在“新生之光”全员以及留在学院都市友人的帮助下最终解决事件，事件过后回到学院都市。
7月、第一个星期五
英国·伦敦·某酒馆内
上条刀夜和同事田中以及过来搭话的御坂旅挂一起喝酒聊天，某位“原石的少女”突然出现并向刀夜求救，刀夜和田中度过了惊险刺激的一夜。
7月、第二个星期五
高中女生云川芹亚与学院都市统括理事会理事之一的贝积继敏理事在电话中谈论关于“原石”能力者的话题，随后站在走廊上嘲笑被水淋湿的上条当麻。
时间不明（漫画中推断为7月16日前）
在都市内发生多起“虚空爆炸案”，致使多名执行任务的风纪委员负伤。
7月16日
过着日常生活的美琴、白井、初春三人在街上遭遇银行劫案，两名劫匪被在场的白井黑子逮捕，第三名劫匪开车逃跑时被美琴用必杀技“超电磁炮”轰飞，劫案告破，无一人伤亡。
7月17日
上午——
美琴与白井黑子的同事初春饰利在吃茶店内聊天，不过中途白井以工作为由将初春带走，但初春的袖章遗留下来。
另一位不知名的风纪委员出现，并依靠初春遗漏的袖章将美琴误以为是新加入的风纪委员，带她去执行任务，花了半天时间找到小女孩硲舎佳茄的包包之后，美琴的误会解除。
下午——
从误会中脱身的美琴遇见了身处不幸之中（被ATM机吞钱）的上条当麻，两人随后在河堤上开始决斗，上条又在战斗半途时逃跑，最后还是演变成了一夜的追逐战。
7月18日
美琴与白井讨论“虚空爆炸案”，拥有犯案能力“量子变速”的大能力者（LV4）钏路帷子在谈话中被排除犯案的嫌疑。
美琴、初春以及佐天泪子三人一起去服装店“第七迷雾”买衣服，在店内遇见了帮助小女孩硲舎佳茄买东西的上条当麻，正在此时“第七迷雾”突然发生爆炸，因为有美琴的活跃（其实是上条的功劳）而无人伤亡，事发后在外面得意之际的犯案嫌疑人介旅初矢被美琴抓住，“虚空爆炸案”告破。
7月19日
为了获取都市传说中可以提升能力的道具“幻想御手”的情报，美琴与白井两人前去不良少年聚集的餐厅。
美琴想从不良少年获取“幻想御手”的情报却因为上条的介入而失败，引发混乱，而追逐上条到铁桥上的美琴被他激怒，发动大范围的雷击致使周边地区电力瘫痪。
7月20日（暑假开始）
上午——
“虚空爆炸案”的嫌疑人介旅初矢陷入原因不明的昏迷中，美琴与白井两人去医院调查此事，在医院内与研究员木山春生初次会面。
上条与挂在阳台上出现的茵蒂克丝相识，并请她吃东西，上条在茵蒂克丝离开后也前往学校补习，由于在课上无视班主任月咏小萌老师，补课到黄昏才能离开。
下午——
佐天从隐秘网站下载到载有“幻想御手”的音乐CD，找到初春饰利，想炫耀一下。
美琴、白井与木山春生在医院外的吃茶店内聊天，佐天和初春半途加入，由于从谈话中得知“幻想御手”具有危险性会被收走，佐天并没有说出自己得到音乐CD的情况，各自分别后，美琴察觉到附近有上条的存在，前去找他。
正好回宿舍的上条在半路上遇到美琴，有点嫌麻烦的上条利用美琴不了解自己的能力为由将她哄吓住，两人分别。
回到宿舍的上条见到倒在血泊中的茵蒂克丝，与前来追捕她的魔法师史提尔·马格努斯交战，在战斗中利用消防洒水器淋湿了史提尔的符文卡片封死了他的必杀技“狩猎魔女之王”并将其击败，后带着负伤的茵蒂克丝从宿舍逃脱，前往小萌老师的住处。
在小萌老师的住处，处于觉醒状态的茵蒂克丝（“自动书记”模式）借助小萌老师之手施展“恢复魔法”治愈伤口。
7月21日
上午——
茵蒂克丝苏醒，上条开始借住小萌老师家里让她疗养身体。
白井黑子从初春以及木山春生处调查到“幻想御手”的实体是能够影响人类大脑的音频软件，于是前往某交易地点调查。
在交易地点出现的佐天被不良混混抓住，白井及时出现并与不良们展开战斗，战斗中白井利用摧毁废弃大楼的办法战胜了拥有“偏光能力”的不良头目。
7月23日
女杀手史蒂芬妮·哥杰斯巴莱斯否定同行兼老师的砂皿致密的狙击暗杀风格。
7月24日
上午——
佐天的同学们因使用了佐天提供的“幻想御手”而陆续昏迷，佐天在与初春通电话后也陷入昏迷，全员被“冥土追魂”的医院收治。
赶到医院的美琴与白井从“冥土追魂”医生处得知制作“幻想御手”网络的脑波频率与木山春生相似，判明犯人，同一时间前去与木山谈话的初春无意中发现她的秘密，被木山带走。
逃亡在路上的木山利用“幻想御手”所得到的“多才能力”将拦截她的警备员全部击溃。美琴赶到出事现场与木山交战，交战中的美琴透过电磁波与木山春生的“幻想御手”脑波网络进行了连接，得知了她过去的记忆。
被美琴击败的木山春生从身体之中泄露的AIM扩散力场形成了一个形似胎儿的迷之生物体“幻想猛兽”，美琴不得不与处于暴走状态中的“幻想猛兽”交战。
初春饰利在警备员的帮助下播放木山给予她的“幻想御手治愈音频程序”，“幻想猛兽”防御能力被瓦解后就被美琴用“超电磁炮”所消灭，之后木山春生被逮捕，因“幻想御手”而昏迷的人群全部苏醒，初春也赶往医院看望已经苏醒的佐天泪子，“幻想御手”事件结束。
晚上——
茵蒂克丝痊愈，上条决定带她去澡堂洗澡，在去澡堂的路上的上条与同来追捕茵蒂克丝的魔法师神裂火织交战，不敌神裂的上条被击晕。
“幻想猛兽”战斗结束八小时后，美琴与白井因超过宿舍的门禁时限未归被常盘台中学宿舍的舍监逮住。
7月25日
作为违反门禁的处罚，美琴与黑子两人负责打扫学校的游泳池，美琴此时结识了黑子的同学湾内绢保和泡浮万彬。
时间不明（超电磁炮动画OVA剧情，依照内容推测为”幻想御手“事件之后，与主时间轴有冲突）
在学院都市的美琴突然感到自己有一种长期处在“被人盯着的感觉”中，精神上也非常衰弱，后通过白井和初春调查发现是警备员（前长点上机学园研究员）城南朝来利用特殊的装置对自己进行实验所至，城南朝来的伪装戳破后被抓获，让美琴感到如释重负。
七月、第四个星期五（推测为7月26日）
狙击手砂皿致密替完不成暗杀任务的史蒂芬妮·哥杰斯巴莱斯善后。
7月27日
晚上——
昏迷三天后的上条当麻苏醒，并从神裂和史提尔口中得知午夜时分将要消除茵蒂克丝的记忆。
心有不甘的上条从小萌老师通电话中得到启示，解开暗藏在茵蒂克丝喉咙深处的“项圈”术式。
7月28日
凌晨—
“项圈”术式被破坏时连带启动了“自动书记”术式反击模式，**纵的茵蒂克丝用魔法攻击上条。
处在战斗状态下的茵蒂克丝释放魔法“龙王的叹息”将漂浮在宇宙的人造卫星“织女一号”摧毁，搭载在卫星内的超级电脑“树状图的设计者”一同被毁。
在史提尔以及神裂的帮助下，上条拼尽全力救下茵蒂克丝，但上条本人却从此失去了过去的所有记忆。
下午——
上条在医院苏醒，见过茵蒂克丝后与医生“冥土追魂”谈论起自己失忆后的感想。
21：40时学院都市的卫星搜索队将“树状图的设计者”的一部分“残骸”（电脑核心装置）回收。
7月30日
通过对“残骸”的解析，学院都市高层得知“树状图的设计者”被来源不明的大规模热源所摧毁。
8月1日（超电磁炮外传小说《初春篇》，后收录到《魔法禁书目录SP》）
运送卫星燃料的货车被恐怖份子远程遥控，发生紧急事件，接到任务的警备员黄泉川爱穗与初春饰利合力确保货车以及司机的安全。
佣兵狙击手砂皿致密接受学院都市高层的委托，使用钢铁破坏者(Metal Eater)破坏了货车必定要前往的桥梁。
在初春以及黄泉川的努力下，货车安然无恙，而发现恐怖份子行踪的美琴和白井正准备去逮捕幕后主使者。
8月2日~8月9日？（超电磁炮动画第一季原创剧情，与主时间轴有所冲突）
春上衿衣转入初春与佐天的栅川中学，引发“幻想御手”后续的“乱杂开放”事件，御坂美琴以及她的友人们再次大活跃，得以让事件顺利结束，但主谋者木原幻生却逃脱了。
8月上旬或中旬某日（超电磁炮外传小说《某自动贩卖机的存在价值》，收录在《伪典—超电磁炮》，依照内容推测为“乱杂开放”事件之后）
具有风纪委员身份的小女孩木原那由他（木原一族的“缺陷品”）以破坏公物罪和盗窃罪袭击正在踹自动贩卖机的御坂美琴。（实际上是对破坏木原幻生“能力体结晶实验”的御坂美琴报以私仇）
偶然在附近的削板军霸再度把前来复仇的横须贺轻松击倒，受到了工作中的白井黑子的追捕，之后因为好奇而乱入到了美琴与那由他的战斗之中。
被两位超能力者（LV5）的战斗深深震撼到的那由他也想拼劲全力挤进战斗中，但在危急时刻被赶来的“舍监”所制止。
在“舍监”背上醒来的那由他得知自己以后不需要再过过去那种“木原一族”的生活而睡着了，至于御坂美琴与削板军霸则回归到了日常的生活中。
8月8日
上条和茵蒂克丝在购买参考书时与偶遇的蓝发耳环前往冷饮店吃东西，在店内与穿着巫女服的少女姬神秋沙相识，在冷饮店内的姬神向上条借钱，随即被几位黑衣人带走。
史提尔·马格努斯通过结标淡希的“坐标移动”能力来到了“没有门窗的大厦”，与学院都市统括理事长亚雷斯塔·克劳利会面，被告知炼金术师奥雷欧斯·伊萨德（前罗马正教书记官）不仅占据了第七学区内的三泽塾补习班，还掳走了拥有未知能力“吸血杀手”的姬神秋沙。
史提尔·马格努斯此时找上上条，并要求他一起前往三泽塾补习班解救姬神秋沙。
两人进入三泽塾补习班将奥雷欧斯（分身）击破，但却被真正的奥雷欧斯用魔法“金色大衍术”消除部分记忆，之后茵蒂克丝出现在三泽塾补习班，被奥雷欧斯带走。
上条在“幻想杀手”作用下恢复记忆，并在补习班外围目睹罗马正教骑士团施展的魔法“葛利果圣歌”被奥雷欧斯用“金色大衍术”反弹。之后和史提尔重回三泽塾补习班与奥雷欧斯进行最终战斗，战斗中的上条右手被斩断，从断腕处出现的“龙王之首”致使奥雷欧斯败北，三泽塾事件结束。
8月9日
上条的右手被医生“冥土追魂”接回，史提尔和茵蒂克丝来看望他。
上条从史提尔处得知奥雷欧斯从此失忆，但却被史提尔用火焰进行了整容以躲避追杀，从此踏上新的生活。
姬神秋沙的“吸血杀手”之后被清教提供的灵装“凯尔特十字架”所封印，后转入到雾之丘女子学园读书。（由于无突出的能力，只待了一小段时间就转学了。）
时间不明（超电磁炮漫画番外篇《 とある暗部の下着论争（○月×日）》，后收录在《伪典-超电磁炮》，依照内容推测在“绝对能力者实验计划”事件之前。）
参与“量产能力者实验计划”的研究员为了决定“妹妹们”所穿的内裤样式，计划参考美琴所使用的内裤，但因为无法拿到样品而派遣了三名“猎犬部队”成员潜入常盘台女子宿舍偷窃，被强悍的舍监给干掉。
研究员们最后为了决定那种样式吵得不可开交之际被买来内裤的芳川桔梗所恐吓。
8月10日
上午——
美琴作了一个关于自己儿时提供DNA样本的梦。
美琴与黑子在街上发现有人在小巷内捡取人为散发的银行卡，引起了她们的注意，之手从风纪委员177支部出来的美琴遇到捡取银行卡的佐天泪子，被她硬拉着帮忙了捡取银行卡。
下午——
与佐天分别后的美琴无意中听到一群小混混们盯上了一个到处散发银行卡高中女生，出于好奇，美琴偷偷跟过去围观。
为求财而来的小混混在一栋废墟大楼内抢劫散发银行卡的高中少女，反被高中少女用“寿命中断”（实际上只是语言催眠+麻醉针）击溃，少女之后对偷偷观战的美琴说了一些奇怪的话，引起美琴的疑惑。
想要弄清楚真相的美琴透过黑客手段了解到这名少女的资料：长点上机学校三年级学生布束砥信，同时为了彻底解开布束砥信谈论关于自己克隆人的传闻，美琴利用调查来的资料半夜潜入樋口制药·第七药学研究院。
潜入研究院的美琴在电脑内发现与自己有关的“量产能力者实验计划”已被冻结，放心的离开后，某位“妹妹”出现并将研究资料全部删除。
8月11日
心情特别愉快的美琴与黑子谈论自己的烦恼已经消除了。
8月15日
早上——
闲逛游玩的美琴第一次与自己的克隆人妹妹（9982号）偶遇，感到非常震惊，从后续的谈话中美琴得知某个“实验”的存在以及一个“暗号”，由于无法套出更多有用的情报只好拉着妹妹（9982号）游玩了半天。
晚上——
游玩过后的两人道别，妹妹（9982号）在小巷内与某位白发少年见面，晚上21：00，第九九八二次实验正式开始。
美琴通过初春帮忙解开“暗号”，得知了“绝对能力进化实验”的存在，之后追踪“妹妹”而来的美琴在实验现场目睹妹妹（9982号）被白发少年杀害，悲愤之余的她向那位白发少年发起攻击。
但美琴的攻击却对白发少年全都无效，连必杀技“超电磁炮”的攻击都被反射，在白发少年发动攻击前，大批妹妹赶来并阻止了两人继续战斗，白发少年受到警告后离开，离开时向美琴告知了自己的名字：一方通行。
8月16日（杂志连载版标注为15~18日，后漫画单行本修正日期，以单行本为准）
早上——
悲伤的美琴与布束砥信再次见面，表明自己不会就此屈服的决心，之后几天她大肆破坏与“绝对能力进化计划”有关联的研究设施。
破坏活动引起了实验计划高层的关注，实验高层决定雇佣暗部“道具（ITEM）”来进行防御。
8月19日（漫画单行本日期修正，以单行本为准）
白天——
“道具（ITEM）”四人（麦野沈利、弗兰达、绢旗最爱、泷壶理后）接到命令后准备迎击潜入研究所的“破坏者”。
弗兰达在水穗机构病理解析研究所埋伏潜入的“破坏者”美琴，中途为了一半的佣金擅自提前行动，遭到美琴的反制，两人追逐至一个封闭的空间内。
布束砥信被邀请来到了与“实验”有关的S制药公司脑神经应用分析所，发现研究人员正在将所有的研究资料进行转移。
在弗兰达的爆破技巧以及欺骗战术的压制下，美琴的能力被迫封锁，遭受弗兰达的打压，但最后还是化险为夷。
正准备审问弗拉达的美琴被赶来的麦野沈利以及泷壶理后逼退到通风管道内。
在实验地另一处的布束砥信正准备趁乱进行妨碍“实验”的工作，被埋伏的娟旗最爱捕获，布束砥信之后的下落不明。
在麦野三人的连击下美琴渐渐的被逼入绝境，而在此时察觉了美琴真实身份的麦野却在虚荣心的驱使下支走了弗兰达以及泷壶两人，独自留下来想击败在超能力者（LV5）排名上比自己高一位的美琴。
获得喘息之机的美琴依靠弗兰达遗留下来的炸弹陷阱等道具将处于绝对优势的麦野沈利击退，并在成功摧毁了设施内部的电脑后逃脱。
留下来的麦野从逃脱的研究员那里抢来了“绝对能力进化实验计划”的资料，得知了该实验的全貌。
时间不明(推断为8月19日左右）
晚上——
在深夜使用“钢铁破坏者”狙击一方通行的“妹妹”（番号不明）被一方通行所杀。
8月20日
上午——
御坂美琴一大早就潜入S制药公司脑神经应用分析所内，但发现里面空无一人，因而乐观的以为实验因为她的妨碍被暂停了。
在公园的上条购买饮料的两千日元（纸币）被自动贩卖机吞掉，而在此时路过的美琴则使用能力帮忙，却反而拉响了警报。上条先后认识了白井黑子以及美琴的“妹妹”（有可能为10031号）两人。
拉走“妹妹”离开的美琴因为无法阻止实验而自责，并且对“妹妹”乱发了一通脾气，两人分别。
下午——
分别后的上条又在路上偶遇到另一位“妹妹”（番号不明），“妹妹”帮助他搬运大量的饮料瓶回宿舍。
到达宿舍的上条与“妹妹”见到了土御门元春的义妹：土御门舞夏，回到家门口见到正在为三色猫斯芬克斯除虱子的茵蒂克丝和姬神秋沙两人，“妹妹”用能力替她们解决了这个问题。
晚上
继续调查的美琴发现实验依然在进行，回到宿舍与黑子闲聊后下定决心要彻底解决这个噩梦般的实验。
8月21日
上午——
补习课后想回家的上条在路上碰到了忧郁的美琴，两人谈论了关于超级电脑“树状图的设计者”的话题后分别。
分别后的美琴潜入了位于学院都市二十三学区宇宙开发区域的“树状图的设计者情报收发中心”，发现里面空无一人，之后通过超能力黑入资料库得知“树状图的设计者”被摧毁的报告。
上条又在路上偶遇见想要收养黑猫的“妹妹”（10031号），带着她一起去买饲养宠物的书，上条在买书期间，留在外面的“妹妹”进入小巷内与一方通行进行战斗实验，被杀。
从“树状图的设计者情报收发中心”离开的美琴再度潜入与实验有关的一处研究所大肆破坏，但却通过监控室看到了“妹妹”在小巷内遇害的过程，万念俱灰
从店内出来的上条在小巷内找到妹妹的尸体，于是赶紧通报警备员，可是尸体却在这期间消失，以为看错的上条在小巷深处见到了数十位相同模样“妹妹”以及被杀害的那位“妹妹”尸体，“妹妹们”在确认上条无事后先行离开。
晚上——
为了探寻究竟，上条前往常盘台中学宿舍寻找美琴，被室友白井黑子接待，白井因为突然出现的舍监查房而让上条躲在床底下，自己离开房间。
在床底下的上条发现了暗藏在公仔熊内的“绝对能力进化实验”资料，读完资料后他在大桥上找到了美琴，为阻止美琴实施牺牲自己拯救妹妹的计划，上条被痛苦的美琴用高强力电击所击晕。。
御坂妹（10032号）开始前往第一○○三二次试验地点。
在美琴怀中苏醒的上条说服美琴，一个人前往第一○○三二次实验地点：位于都市西部郊区的派车场。
晚上20：30，第一○○三二次实验正式开始，受到一方通行攻击的御坂妹（10032号）被出现的上条解救，上条与一方通行开战，随后赶来的美琴向御坂妹（10032号）求助，利用分布在全都市的所有“妹妹们”合力消除了一方通行用能力制造出来的电浆体。
非常顽强的上条最终击败了一方通行，“绝对能力进化实验”计划从此以后被永久性冻结，而负伤的上条随后被送往医院救治。
8月22日
上条在病房内苏醒，御坂妹（10032号）、美琴、茵蒂克丝三人先后来探望他，从医院出来的美琴和御坂妹（10032号）在一起时互相透露出了各自的心里话。
日期不明（超电磁炮漫画番外篇《鉄桥は恋の合図》，依照内容推测为8月22之后）
美琴亲手制作了饼干想送给上条，却因为他的出院而未成功，但美琴的心情却变得非常好。
8月、第四个星期五
四位“妹妹”因为恋爱占卜的事情吵翻天，妹妹（10090号）在谈话中透露天井亚雄制作的“妹妹”0号行踪不明也未接入“御坂网络”。
8月下旬某日（从内容上推测为8月27日白天的可能性较大）
刚转入常盘台中学2年级学生婚后光子因为走错宿舍而在“学舍之园”迷了路，遇到正好被海原光贵邀请而急的想要脱身的美琴。
为了脱身，美琴强拉着婚后光子的假装好友逃离，相识的两人开始在“学舍之园”游玩了半天，有些迷糊的婚后光子还将美琴的姓名误认为“海原美月”，直到9月中旬才解开误解。
8月27日（根据第四卷内容推测）
日本·神奈川县某海边
因学校批准的假期而从学院都市出去的上条当麻不得不和自己的双亲、茵蒂克丝来海边旅游，四人后入住海边旅馆“海之家”，他的表妹龙神乙姬半夜入住。
影响全世界的未知魔法“天使坠落”发动，引发英国清教的注意，其所属的魔法师神裂火织和土御门元春前往上条的住处进行调查。
8月28日
早上——
上条起床后发现旅馆内除自己和父亲外所有人的样貌都改变了，赶来神裂火织和土御门元春出现并向上条说明了现状。
晚上——
上条带着神裂去见自己的家人，并在无意间撞见沐浴中的神裂，后在晚上休息时又被从地板下出现的逃狱犯火野神作袭击，俄罗斯成教的修女“米夏·克洛伊洁芙”乱入并击退了火野神作。
8月29日
早上——
上条从新闻中发现火野躲在了自己的老家，之后众人赶到上条的老家将火野神作击倒，但因为土御门的推论将火野神作排除掉了发动魔法的嫌疑。
上条从土御门的推论中得知发动“天使坠落”魔法的犯人居然是用大量附身符无意中摆放出魔法阵型的上条刀夜，“米夏·克洛伊洁芙”于是先一步赶去排除犯人。
傍晚——
赶回旅馆的上条见到自己的父亲，“米夏·克洛伊洁芙”现出了真面目：受到魔法“天使坠落”影响的大天使“神之力·加百列”，“神之力·加百列”为了尽快回到天界而开始排除启动魔法的仪式者（上条刀夜）。
神裂赶来牵制大天使的攻击，上条则带着父亲回旅馆避难，在旅馆内出现的土御门将上条和刀夜击倒，随后使用魔法“赤术式”将上条老家（仪式现场）轰掉，后因自身的排斥反应晕倒。
魔法“天使坠落”解除，大天使“神之力·加百列”回到上界，被天使附身的莎夏·克洛伊洁芙重新取回身体。
8月30日（短篇小说《某预言的禁书目录》，收录在插画师灰村 キヨタカ个人网站上）
茵蒂克丝邮购的预言书《马拉奇的预言》送到了上条宿舍，引发一阵骚动。
8月30~10月2日之间（禁书目录外传小说《神裂篇》）
神裂火炽与牛仔裤店店长、导游小姐三人组队完成的七件任务。
1、调查“拘束职人”艾拉·索的行踪。
2、调查密克罗尼西亚岛被魔法师侵入的真相。
3、防范丹麦港口城市工业地带的某炼铁厂被魔法师破坏。
4、讨伐占领苏格兰北部要塞·连伽码头的魔法生命体：艾尔法尔。
5、防范“海洋监狱”（为关押魔法师犯人特制的运输潜水艇）中的魔法师犯人逃脱。
6、逮捕触犯禁忌的魔法师的奥伦兹，但在抓捕途中遇到相同目的的魔法师“雷维尼亚·芭德薇与她的部下马克·史佩斯，由于奥伦兹据点类似真空环境，因而三人不得不挤在一个封闭的运输容器中前往目的地，在里面的神裂与芭德薇两人却爆发了口角，忍耐到极致的两人刚到据点就打的不分上下。
7、调查北欧五大魔法结社遇袭事件，在调查过程中与布伦希尔德·爱因库特贝尔（圣人（Saint）兼有女武神（Valkyrie）双重资质）爆发激战，第一战后神裂逐渐了解到了布伦希尔德袭击北欧五大魔法结社的真相，在第二次交战时面对布伦希尔德创造的灵装“主神之枪”以及魔法“最后的如尼”时从容面对，最终利用布伦希尔德的弱点将其击败。
事件结束后的神裂继续为此事善后，后在牛仔裤店店长的调查下发现同属组织内的魔法师理查德·布雷夫为了获取“黑侏儒的知识”（“主神之枪”以及“最后的如尼”都属于黑侏儒的知识）计划绑架曾帮助过布伦希尔德的少年塞利埃·弗拉特里，借以套出情报，最后由神裂等人加以阻止，但理查德·布雷夫并未放弃获取“黑侏儒的知识”。
8月某日（禁书目录外传小说《火星篇》， 后收录到《魔法禁书目录 SP》，根据内容只能推测此事件发生在9月之前）
晚上——
由于学院都市接收到从火星上传来的奇妙信息，使得一时兴起的茵蒂克丝决定和上条当麻到21学区的天文台游玩，两人中途被魔法师芙蕾斯卷入到骚乱之中。
黄金系魔法结社“拭去黑暗的黎明”所属的魔法师芙蕾斯认为学院都市有研究员培养出的“密着微生物”会对人类有潜在的威胁，因而决定使用腐坏净化的灵装消除掉。（实际上更想通过此次行动来宣传已经没落的“拭去黑暗的黎明”）。
芙蕾斯将上条和茵蒂克丝卷入后事件后，三人与研究“密着微生物”（无智能，单纯是为了研究火星上的“智能微生物”能不能在登陆地球后存活的模仿实验体）的高中生研究员微细乙爱对战，上条独自一人将微细乙爱击败后达成原本的目的。
被击倒的微细乙爱用对讲机与火星上“智能微生物”进行联系，得知它们的想法。
7月20~8月31日之间（PSP游戏《科学超电磁炮》+外传小说《蛇足、またはとある事件の终幕》）
长点上机学园女学生相园美央认为自己爱慕的老师西东飒太受到了学校的不公正待遇，计划操控卫星武器HsMDC-01（地球旋回加速式磁气照准炮）向学院都市进行复仇，其一系列计划被无意中卷入的御坂美琴等人所阻止。
事件结束后相园美央与御坂美琴一同解救出了被“暗部”白鳄部队关押的西东飒太。
为方便读者提供游戏全CG+剧情大略：http://tieba.baidu.com/p/1776931150
8月31日（暑假最终日）
凌晨——
半夜购物回家的一方通行将找他求助的“妹妹”：最后之作（20001号）带往自己的住所休息。
上条半夜醒来，在茵蒂克丝撕咬中发现自己的暑假作业完全没做，不幸的一天开始。
从宿舍中外出的御坂美琴又遇见老是缠着她的常盘台中学理事长之孙海原光贵，为了甩开烦人的海原，美琴抓住路过的上条当麻充当伪恋人。
无意中真正的海原光贵出现在美琴面前，而伪装成“海原光贵”的阿兹特克魔法师艾扎力开始袭击身旁的上条当麻。
两人追逐至某工地战斗时，艾扎力被倒塌的钢骨压住，此时的艾扎力要求上条答应他的“约定”被躲在墙角的美琴听到，让美琴内心非常的在意，而晕倒的艾扎力被上条交由土御门处理。
睡醒之后的一方通行将最后之作带往餐厅吃饭，发现参与“绝对能力进化实验”研究员天井亚雄在餐厅周围徘徊，一方通行吃完饭后将最后之作独自留在了餐厅，自己则前往绝对能力进化实验所。
神道教魔法师暗咲逢魔强行侵入学院都市。
下午——
到达研究所的一方通行从研究员芳川桔梗处了解到最后之作的特殊性以及研究员天井亚雄最近的不稳定动向，于是决定回餐厅找最后之作。
上条带着茵蒂克丝去餐厅吃饭，冲进来的暗咲逢魔将茵蒂克丝掳走，上条开始到处追寻他们。
一方通行回到餐厅，得知最后之作被天井亚雄带走，之后他前往超能力者“超电磁炮”量产型开发计划的研究所门口将天井亚雄击晕，救下最后之作。
为了拯救最后之作的一方通行开始利用自己的能力将最后之作脑中输入的电子病毒清除，由于使用能力时无法防备而被苏醒过来的天井亚雄枪击成重伤。
从研究所及时赶来的芳川桔梗将最后之作收容到培养器中，与天井亚雄互相对射至昏迷。
暗咲逢魔布置出结界“神乐舞台”，企图从茵蒂克丝脑中获取魔导书《抱朴子》的知识，追踪而至的上条在某栋大厦楼顶发现受到魔导书侵蚀暗咲逢魔以及被绑住的茵蒂克丝，在得知暗咲掳人的动机后，上条决定帮助他解除他心仪女性的诅咒，两人在半夜从学院都市冲了出去。
9月1日（开学式）
凌晨——
在医院中苏醒的芳川桔梗从“冥土追魂”处了解到一方通行和最后之作无生命危险，不过一方通行却必须依靠“御坂网络”的补助演算才能维持身体活动以及能力的使用。
从外部助人归来的上条当麻在暗咲逢魔再度协助下，又从外面冲回了学院都市。
上午——
新学期的婚后光子在学校内结识了湾内绢保和泡浮万彬，在见识到了常盘台中学最大派阀“食蜂派阀”的气势后决心组建起自己的派阀。
土御门被带到亚雷斯塔的面前，向他通报同属英国清教的魔法师雪莉·克伦威尔侵入学院都市的事情，由于向亚雷斯塔提出由他来对付雪莉的建议遭到亚雷斯塔的反对，被困在无门窗的大楼内。
经过半宿才回家的上条赶到学校参加开学式。
小萌老师在介绍新的转校生（姬神秋纱）时，茵蒂克丝在此时乱入到上条的班级，很快就被小萌老师赶了出去，无所事事的茵蒂克丝在学校的食堂里与自称转校生的风斩冰华成为朋友，不久之后就在更衣室与上条会面，之后的三人决定去地下街游玩，临走时上条听到姬神秋纱在雾之丘女子学院关于风斩冰华的传闻。
侵入都市的雪莉·克伦威尔与赶来阻挡的白井黑子交战，白井在战斗中被雪莉召唤的石巨人艾利丝所困，危急之际被美琴所救，雪莉趁乱逃走。
下午——
上条带着茵蒂克丝和风斩来到学院都市的地下街游玩，不久之后，雪莉的攻击致使地下街被迫封闭，困在里面的上条三人与美琴、白井两人相遇。
白井先行将美琴和茵蒂克丝用空间移动送到地面，上条和风斩两人一起另寻出口，而风斩却在与雪梨的遭遇战中头部受伤，但也使她了解到自己是非人类的事实。
上条在警备员的协助下救回风斩冰华并将雪莉击退，并得知雪莉的主要目标是茵蒂克丝。
留在地面上的茵蒂克丝与美琴分开，在某工地外遭到石巨人艾利丝的袭击。茵蒂克丝随即启动“强制咏唱”进行反击。
掉入地铁道的风斩冰华赶去解救茵蒂克丝，被雪莉放走。随后赶来的上条在激战中将雪莉击倒，赶往地面解救茵蒂克丝，在风斩以及上条的努力下，石巨人被破坏，茵蒂克丝安然无恙。
被亚雷斯塔困住的土御门离开，走时还不忘警告亚雷斯塔。
上条来到“冥土追魂”医院检查身体，一同前往的风斩冰华则向茵蒂克丝道别，随即消散在好友面前。
9月3日（超电磁炮外传小说《学艺都市篇》）
美国西海岸（加利福尼亚州外海）人工岛城市·学艺都市
白天——
因为学院都市组织的广域社会调查活动，御坂美琴、白井黑子、初春饰利、佐天泪子四人来到了美国的学艺都市，四人在岛上与白人女导演毕芭利·希斯露相识。
从海中突然出现的一架奇异的飞行器与学艺都市的空中防卫队“拉碧塞飞行队”进行战斗，美琴在其中使用能力保护普通游客。
晚上——
对白天的事件充满疑问的美琴决定去探索学艺都市的秘密。
美琴以及偶然跟着她的佐天两人潜入到了影视设施大发射架（Large Launcher）内部，并见到了大量“云海之蛇”的残骸。
两人在设施内部遭遇“工作人员”奥莉弗·赫丽德，不过奥莉弗却遵照上层的指示将两人放走。
9月4日
白天——
在宾馆内的美琴一早就受到白井黑子的变态骚扰。
独自在外面的佐天泪子被击落的“云海之蛇”驾驶员席琪桃尔抓住，受到她的威胁而去商店买泳衣，买泳衣途中的佐天与毕芭利·希斯露偶遇，最后在毕芭利的推荐下，佐天给席琪桃尔买了一件非常显眼的宝石比基尼。
期间席琪桃尔在大发射架（Large Launcher）内部成功回收了魔法灵装“太阳之蛇”的核，之后“云海之蛇”再次袭来，席琪桃尔的同僚托琪托莉出现并将她带回因为这件事情使得两人产生了奇妙的友情关系。
晚上——
带着对一系列事件的疑问，佐天泪子决定独自重回大发射架（Large Launcher）内寻求答案。
佐天刚要窥探到设施内部隐藏区域的时候就被奥莉弗逮住。
9月5日
白天——
因为担心彻夜未归的佐天安危，美琴三人在拥有“读心能力”的风纪委员帮助下得知了佐天的去向。
奥莉弗在上层的指示下准备将佐天泪子秘密处理掉”，在最危急时刻下的佐天被乘坐“云海之蛇”而来的席琪桃尔所救。并告知佐天自己隶属的组织（有翼者的归还）即将利用魔法灵装“太阳之蛇”发动对学艺都市的毁灭性打击。
晚上——
安然回到宾馆的佐天在自己的房间休息，并将自己的所见所闻告知给了三人后就被奥莉弗·赫丽德带领的特种兵突袭，美琴与黑子展开反击将其击败。
奥莉弗被美琴说服后答应疏散滞留在学艺都市的全部游客。
学艺都市的高层“经营团队”五人受到了亚雷斯塔的警告，答应亚雷斯塔的条件。
9月6日
避难警报拉响，学艺都市的游客开始登上大型救生艇“红鲑”上逃亡。
学芸都市“拉碧塞飞行队”与“有翼者的归还”展开全面战斗。美琴和白井两人则准备击毁“太阳之蛇”。保护无辜的游客上船。
在美琴与黑子的攻击下，从天空俯冲而来的四架“太阳之蛇”被毁，但最后一架“太阳之蛇”却从天而降。
在乘坐“云海之蛇”席琪桃尔的攻击下，美琴与被击晕的黑子困在了一架处于下落中的“太阳之蛇”残骸上面，通过发动能力对水分子的操控，美琴成功的制造出了一对“水之翼”，并带着白井脱离险境。
在空中的美琴追上席琪桃尔以及最后一架“太阳之蛇”，两人随即展开激战。
在美琴一击漂亮的“超电磁炮”攻击下，最后一架“太阳之蛇”开始解体，“太阳之蛇”所落下的残骸致使身处地面的佐天泪子陷入危险，席琪桃尔见状则驾驶着“云海之蛇”赶去营救。
战斗快结束时，“有翼者的归还”下达攻击大型救生艇的命令，在抉择下的席琪桃尔放弃任务，和自己的同僚托琪托莉前去阻止其他同僚攻击救生艇“红鲑”的行动。
“有翼者的归还”与学艺都市的战争最终以学艺都市全面撤退，“有翼者的归还”的惨胜而结束。而从战斗中撤离的美琴等学院都市学生乘坐飞机撤离了学艺都市。
不知何时，席琪桃尔与托琪托莉准备前往组织的审判庭，接受组织对两人的审判。
席琪桃尔被分配到学院都市肃清已叛逃的师兄艾扎力（伪海原光贵）的任务，同时手臂上还被移植了具有强力副作用的“兽皮原典”，而托琪托莉则被他们的上司提克帕托所管制。
9月8日
上午——
英国·伦敦·圣乔治大教堂（英国清教“必要之恶教会”分部）
英国清教第零圣堂区“必要之恶教会”最高主教—萝拉·斯图亚特告知史提尔，亚雷斯塔所著的原典“法之书”以及能破解此书的罗马正教修女奥索拉·阿奎纳被日本本土教派天草式十字凄教所劫走，另外，原担任此教派的女教皇神裂也不知所踪。
下午——
日本·东京·学院都市第七学区
茵蒂克丝在与土御门舞夏的谈话时被史提尔带走，并留下字条要上条前往都市外面的废弃剧院‘薄明座’遗址。
学院都市外部区域
在‘薄明座’遗址的史提尔以及茵蒂克丝两人与罗马正教派遣支援的修女雅妮丝·桑提斯相见。
上条带着在路上偶然结识的脱线修女奥索拉·阿奎纳赶往‘薄明座’遗址与众人相见，不过奥索拉·阿奎纳却被突然出现的天草式劫走。
黄昏——
二十一名英国骑士派的骑士秘密登陆日本海岸，但一上岸时就遭到了神裂火织毁灭性打击，全员被击晕，土御门随后赶来善后。
晚上——
雅妮丝·桑提斯带领自己的罗马正教修女部队“雅妮丝部队”进行整备，准备与上条等人突袭天草式要前往的特殊移动魔法“缩图巡礼”的“涡点”，解救奥索拉·阿奎纳。
晚上十一点，营救计划正式开始，众人来到某游乐园内与天草式十字凄教进行战斗。
战斗中，上条救出奥索拉·阿奎纳，并与史提尔合力打倒了天草式的代理教皇建宫斋字，战斗结束。
在建宫斋字的述说下，上条对“雅妮丝部队”救人的目的产生疑问，由于提出想再见一面奥索拉，上条、茵蒂克丝与露琪亚和安洁莉娜发生战斗，两名修女不敌后自行离开。
9月9日
清晨——
上条、茵蒂克丝、史提尔、建宫斋字四人各自分别，上条准备独自前往未完工的奥索拉大教堂解救奥索拉·阿奎纳。
上条打破奥索大教堂的结界，史提尔、茵蒂克丝以及天草式的众人赶到，并与”雅妮丝部队”展开激战。
战斗中，茵蒂克丝施展的“魔灭之音”压制住了大部分的修女，但却因罗马正教的修女发动自杀攻击戳破自己的耳膜而遭到反击。
独自一人从混战中脱身的上条与“雅妮丝部队”的首领雅妮丝爆发激战，史提尔的必杀技「猎杀魔女之王」经过天草式众人的改进，足以压制住其他的修女们了，之后为首的雅妮丝被上条击倒致使“雅妮丝部队”众人投降，战斗结束，法之书事件结束。
“雅妮丝部队”众修女因为任务失败而受到罗马正教的处罚，发配到了大型灵装“亚得里亚海女王号”上面进行劳役。
早上——
被送往学院都市医院的上条醒来，见到来探视他的神裂火织。
9月、第三个星期五
御坂美琴为了调查某件事情开始用黑客技术侵入学院都市的信息中心“书库”，被初春饰利所阻止，但初春在黑客对决中将“书库”中的一个伺服器给舍弃掉，让共事的白井对她说教了一番。
9月14日
上午
婚后光子在操场上邀请白井黑子加入自己的派阀，被白井拒绝，中途被测试中的超电磁炮威力给深深的震撼到了。
参加完测试的美琴在浴室淋浴时又受到黑子的变态骚扰。
下午——
美琴与黑子在学舍之园内购物一段时间后分别。
进行风纪委员工作的白井黑子卷入“残骸“事件中，与抢夺“残骸”的结标淡希（能力：坐标移动，大能力者（LV4））交战，但不敌而受了重伤，同时卷入的还有美琴、上条、一方通行等人。
从最后之作的“御坂网络”的口中得知情报的黄泉川爱穗暗中行动，击溃此事件中的幕后组织：反学院都市组织“科学结社”，而带着“残骸”逃跑的结标淡希被赶来的一方通行击晕，“残骸”也被完全毁坏，该事件结束。
之后关入少年感化院的结标淡希为了同伴的自由而与学院都市高层达成交易，加入暗部“集团（Group）”
9月15日
下午——
带着茵迪克斯和礼物的上条当麻进入医院探望受伤的白井黑子和虚弱的妹妹（10032号），美琴的好友们（+婚后光子）也都前来探望白井。
9月中旬某日
一心想创建自己派阀的婚后光子屡屡碰壁，显得有些沮丧，之后在学校中得到美琴、湾内绢保、泡浮万彬三人的鼓励下，重新振作起来并与她们成为真正的好友。
在图书馆读书的御坂美琴受到了常盘台中学女王：食蜂操祈（能力：心理掌握，排名第五位的超能力者（LV5））的挑衅，两人爆发了一点小小的不愉快。
大星霸祭活动之前（9月14—9月18日之间）
佐天泪子借着彩虹的出现鼓励因黑子受伤而有些自责消沉的初春饰利。
大星霸祭运营委员会为寻找大星霸祭开幕式学生代表而分别向七位超能力者进行交涉，最后只有第五位的食蜂操祈和第七位的削板军霸同意担任学生代表。
食蜂操祈与某位中年男性（前“绝对能力计划实验”高层人员）密谋某件事情。
9月15日—9月18日（禁书目录剧场版动画《恩底弥翁的奇迹》
已建成的宇宙电梯恩底弥翁开始启动，而不死魔女雷蒂丽·唐格罗德在三年前的计划也开始实施，命令其雇佣的黑鸦部队（队长莎特奥拉·赛昆齐亚）保护鸣护·阿丽莎，引发与得知此事的英国清教的争夺战，与艾丽莎偶然相识的上条当麻和茵蒂克丝也被卷入其中。
绑架艾丽莎成功的雷蒂丽在宇宙电梯恩底弥翁中利用艾丽莎成为核心，开始启动可以毁灭北半球的破坏魔法，其阴谋被上条等人所挫败，而鸣护·艾丽莎则与莎特奥拉·赛昆齐亚重新融合，该事件结束。
9月19日（大星霸祭第一天）
上午——
学院都市的大星霸祭开幕，作为开幕式学生代表的食蜂操祈和削板军霸上台宣誓致辞，削板因为中途忘词而将开幕式仪式搞得一塌糊涂。
当麻的双亲以及美琴的母亲御坂美玲来到学院都市参观，同时撞见了为了比赛成绩而互相打赌的双方子女。
上条当麻在参加完第一场比赛后就被土御门元春和史提尔·马格努斯拉走执行任务，卷入到了“使徒十字”事件当中，之后一整天三人都在学院都市里面到处奔波，追捕魔导师欧莉安娜·汤森。
御坂美琴与婚后光子的风神·雷神组合在参加的第一场“两人三脚”比赛中获胜，为美琴加油的佐天泪子偶然指点了一个不会用手机的东洋少女（伪装的席琪桃尔）。
为了方便执行自己原定的任务而加入学院都市暗部“人员（Member）”的席琪桃尔收到“博士”（“人员（Member）”首领）的来电，要她开始执行加入组织的第一个任务。
与佐天和初春一起行动的美琴遇见了来看望她的妈妈美玲，但对三人聊起自己的恋爱八卦而害羞起来的美琴立马找了一个借口逃跑了。
正准备参加下一场比赛的美琴发现因为误会而代替自己参加比赛的御坂妹（10032号），由于无法同时出现在同学面前，美琴不得不让御坂妹来代替自己参加气球猎人比赛，比赛过程中只有婚后光子觉得这位”御坂美琴“有些不同，暗自疑惑。
常盘台中学之后在“气球猎人”比赛中输给掌握情报的对方学校，而御坂妹在比赛中被“人员（Member）”成员马场芳郎注射了由机械蚊子所携带的纳米机械。
御坂妹在与美琴谈话后分别，之后因为纳米机械的作用而昏迷，被食蜂操祈俘获。
中午—
中午去吃饭的美琴和上条以及他们的家人在同一个餐馆碰面，而出去买饮料的上条则遇上了正在调侃美琴的食蜂操祈，两人相识。
吃完饭后的两人再度处理各自的事情，上条继续追查灵装“使徒十字”的下落，而美琴则因为佐天泪子的新都市传说“影子金属”搞了一场闹剧。
经过了一整天的奔波，魔导师欧莉安娜·汤森被上条当麻所击倒，待命在学院都市外的修女丽多薇雅·罗伦婕蒂正准备启动“使徒十字”，却因为大星霸祭晚上所释放的烟火挡住星光而失去了重要的发动时机，魔法发动失败。
9月20日（大星霸祭第二天）
早上——
吹寄制理来到医院探望受了点轻伤的上条当麻，由于见到了上条的**而有些脸红。
由于御坂妹一夜未将泡浮万彬的运动服归还，使得美琴开始察觉御坂妹失踪的情况，并着手调查。
由于调查过于激进让毫无防备的美琴落入食蜂操祈的陷阱当中，行动上被食蜂派阀所“禁锢”，甚至连美琴最要好的友人白井、佐天、初春三人都失去了对她本人的记忆。
正在烦恼中的美琴参加第二场比赛，向觉察上次比赛疑惑的婚后光子透露了部分真相，答应美琴的婚后同学决心尽全力帮助美琴找回妹妹。
在大街上调查情报的婚后光子被马场芳郎所诱骗到了一处湖边公园，两人随后发生了激战，激战中的马场芳郎使用了卑鄙的手段让婚后光子战败倒地，有些在意婚后光子的佐天和湾内绢保、泡浮万彬三人赶来，见到好友被打伤的湾内绢保和泡浮万彬非常愤怒。
婚后光子之后由佐天带回并进行急救，湾内绢保和泡浮万彬则对马场芳郎进行了反击，在两人默契的配合下，马场芳郎所控制的全部机械犬被破坏，被湾内绢保扇了一巴掌后败逃。
在医院上看到为了自己事情奔波却受伤的婚后光子，使得美琴显得非常震怒，一下子挣脱了食蜂派阀的“禁锢”。
逃回据点的马场芳郎决定启用庞大的机械螳螂对两人复仇，刚启动就被利用机械蚊子追查而来的御坂美琴所摧毁，躲在控制车的马场芳郎彻底吓昏。
马场芳郎被击溃后，与之有联系的同伴“带着马鞭的少女”则准备开始行动，绑架了初春以及美琴的母亲美玲两人，“带着马鞭的少女”之后以初春和妈妈美玲的性命要挟美琴说出妹妹（10032）的行踪，被及时赶来的黑子与美琴联手击退。
下午——
在佐天和黑子的帮助下，美琴通过都市传说网站调查到了食蜂操祈的行踪，来到目的地时，食蜂主动与美琴攀谈，告知自己无心伤害美琴的妹妹以及友人们，同时也告诉她还有另一伙人也在追踪妹妹，其主谋者为过去有接触过的木原幻生，将信将疑的美琴与食蜂组成临时搭档，随即前往木原幻生躲藏在的研究所抓捕他，浪费半天时间的两人抓到却只是一个替身，从替身脑海中读取记忆的食蜂看到木原幻生正在诉说“Exterior实验计划”的留言。
留在风纪委员第117支部的黑子、初春、佐天三人继续调查，黑子与初春以“带着马鞭的少女”作为突破口得知了她的姓名：警策看取，至于离开的佐天则在大街上见到了正在进行借物竞走比赛的上条当麻，出于好心的佐天将自己的护身符借给了上条当麻用来比赛，之后前往废弃的液态金属工厂内发现还有人在活动，随即跟了上去。
进入暗道内的佐天首先被席琪桃尔所发现，但席琪桃尔无心伤害她，决定放佐天一马，逃离的佐天在半途就被液态人偶（警策看取所使用的超能力）所抓获，席琪桃尔为保护佐天向警策摊牌，告知她“博士”已经发现了警策看取背叛综括理事会并利用“人员（Member）”来为委托人（木原幻生）工作的情报，得知此情况的警策看取无心恋战，两人分道扬镳。
从木原幻生据点出来的美琴和食蜂决定前往另一个都市传说地点调查，中途遇上大堵车，着急赶时间的食蜂操祈一口气爆发心理掌握的能力，控制几公里内的所有车辆只为她一人的开道，坐在车内的食蜂操祈此时回忆起了儿时与“妹妹”0号所相识的过去，在远处监视两人行踪的猎犬部队开始撤退。
从接物比赛中脱身的上条为了归还佐天借给他的护身符而在废旧工厂外见到了佐天与席琪桃尔两人。
傍晚——
法国领海上空
携带着灵装“使徒十字”逃亡的丽多薇雅·罗伦婕蒂在飞机上被萝拉·斯图亚特所暗算，从8000米的高空坠下。
丽多薇雅·罗伦婕蒂以及之前的欧莉安娜·汤森都被英国清教所俘获，而罗马正教的圣灵十式之一的“使徒十字”也同时落入了萝拉之手，“使徒十字”事件彻底结束。
补充：师徒十字之后（大霸星祭之后几天内，貌似就是第二天）
泪子等人察觉自己或许**作记忆，失忆的黑子帮美琴对付警策，美琴遇到女王之后联手。
女王和美琴追查木原幻生但反被设计，幻生夺走“外装代脑”的能力，将御坂网络全部输入美琴，使美琴暴走lv6化，当麻和削板军霸偶遇后一起阻止暴走的美琴。女王对付木原幻生，黑子对警策。目前连载中....（2013-10-28）
9月25日（大星霸祭最终日）
上条当麻在参加一个节日举办的活动时抽中一等奖“北意大利七天五夜的双人行”。
9月26日
上条当麻与茵蒂克丝从学院都市出发飞往意大利。
9月27（因时差关系为意大利罗马时间）
白天——
上条当麻与茵蒂克丝到达目的地：意大利马可波罗国际机场，之后前往北意大利城市基奥贾游玩，在路上偶遇过去见过的修女奥索拉·阿奎纳。
来到奥索拉住宅的两人见过正在为奥索拉搬家的天草式十字凄教教徒们，教徒五和等人与他们相识。
晚上——
晚上两人与奥索拉送别时遭到了袭击，三人被动的卷入到了“女王舰队事件”当中。
事件中的三人与天草式十字凄教合作救出在“亚得里亚海女王”服劳役的雅尼丝部队的修女们而与罗马正教火拼，上条在击败“亚得里亚海女王舰队”指挥官司彼亚吉欧·普索尼后救出了众修女，“女王舰队事件”结束。
之后的罗马正教圣灵十式之一的“亚得里亚海女王”因损坏而无法启用，彼亚吉欧·普索尼被英国清教关押，“雅尼丝部队”同时并入了英国清教的保护之下。
9月28日
受伤的上条当麻还有茵蒂克丝被学院都市方所派遣的超音速客机紧急接了回来。
英国伦敦-英国清教女子宿舍
奥索拉·阿奎纳与雅尼丝部队全员搬入了英国清教女子宿舍。
梵蒂冈-圣彼得大教堂内
“神之右席”成员之一的前方之风逼迫罗马正教教皇马丁·利斯签署刺杀上条当麻的文件。
9月、第四个礼拜五（如果设定此日为29日，那么下面的9月、第五个礼拜五就不可能存在）
英国伦敦-英国清教女子宿舍
晚上——
夜晚偷吃东西的神裂火炽动静太大惊醒了其他人，之后进入厨房的修女安洁莉娜用面包制作了一件奇怪的“艺术品”，让雪莉·克伦威尔感到十分惊讶与崇拜……
9月30日
早上——
上条当麻接受与御坂美琴在大星霸祭期间定下的打赌，输了的上条不得不履行美琴的惩罚……
已在医院修养快一月的一方通行与最后之作出院，在芳川桔梗的介绍下两人住进黄泉川爱穗的宿舍内，由于最后之作偷偷溜出玩耍，让担当保护人的一方通行不得不出去找她……
黄昏——
神之右席成员前方之风侵入学院都市，杀死三名统括理事会理事，并致使许多学院都市学生和警备员昏倒，导致学院都市城市机能陷入瘫痪状态，针对这种情况，理事长亚雷斯塔命令其直属部队“猎犬部队”绑架最后之作。
木原数多所率领的猎犬部队在绑架过程中与暴怒的一方通行发生激战，而侵入的前方之风则与上条当麻展开激战。
最后之作遭到绑架后，亚雷斯塔利用被注入电子病毒“Angel”的最后之作启动了虚数学区·五行机关，形成人工天界，使得在学院都市中游荡的风斩冰华觉醒为人造天使休斯·风斩，**控的休斯·风斩之后以罗马正教为目标加以攻击。
被木原数多逼至绝境的一方通行爆发出黑之翼，将木原数多秒杀，而半途转向攻击休斯·风斩的前方之风由上条当麻所击晕，由出现的威廉·奥维尔（后方之水）带回。
茵蒂克丝利用歌声将最后之作脑中的电子病毒“Angel”清除，人工天界消失，风斩冰华也变回原样。
激战后的一方通行为了更好的保护最后之作，决定接受学院都市“暗”的邀请，加入了暗部组织“集团（Group）”。
此事件的结果导致科学侧（学院都市方）与魔法侧（罗马正教方）矛盾激化，形成对立局面，之后此事件就以“0930事件”来称呼。
9月、第五个礼拜五（时间线BUG）
神奈川县某地体育馆
御坂美玲与刚搬家不久的上条诗菜在游泳时闲聊。
10月某日（禁书目录外传小说《情书争夺战》，收录在《灰村キヨタカ画集 rainbow spectrum:colors》，依照内容推测为秋冬交替之时）
云川芹亚来到1年7班，要求吹寄制理传递自己写给上条的“情书”，“情书”在不可预知的情况下由众人所传递到上条所居住的宿舍，最后云川芹亚以“情书”为诱饵逮住了一名跟踪她的间谍，第二天上课的上条当麻向她询问此事的时候得到了一点不可思议的答复。
10月1日~10月16日？之间某日（禁书目录外传小说《史提尔篇》，后收录到《魔法禁书目录SP》，依照内容推测为0930事件之后。）
魔法结社“绯色日照”的BOSS雷维尼亚·芭德薇带着大队人马以及自己的妹妹珀翠西亚·芭徳薇来到日本，雷维尼亚前往学院都市回收“多纳提彗星的天宫图”之际将持有的“阿拉斯加的如尼碑文碎片”交由妹妹保管。（天宫图+碑文碎片+“绯色日照”首领亲缘的鲜血为开启“黑侏儒的知识”的三个关键，缺一不可）
与姐姐分别的珀翠西亚被一直想获得“黑侏儒的知识”的魔法师理查德·布雷夫袭击，被迫逃入学院都市，中途受到了魔法师迪奥多西亚·伊蕾翠与史提尔·马格努斯的保护。
夜里买菜归来的上条当麻多管闲事般误以为雷维尼亚·芭德薇是被诱拐的少女，将她抱走，误会解除后受到了雷维尼亚的恶作剧惩罚，回家淋浴时两人又再度见面。
向茵蒂克丝寻求协助而来的雷维尼亚以上条和自己的部下马克·史佩斯为诱饵成功拿回了落入学院都市手中的“多纳提彗星的天宫图”，离开之际还问上条当麻要不要成为自己的仆人。
保护珀翠西亚的史提尔看破理查德·布雷夫的炎系魔法“破灭之枝”的原理，将其击败后又受到了理查德带来的大批魔法师的袭击，支撑不住时被雷维尼亚解围，事件结束。
第二天在机场的雷维尼亚当着史提尔面调侃自己的妹妹说她喜欢上史提尔，并向史提尔告知“绯色日照”过去历史后与妹妹离开日本。
10月某日（禁书目录外传小说《马克篇》，包含在《史提尔篇》内，依照内容推测为雷维尼亚离开日本之后）
具有天才头脑的珀翠西亚受邀请登上了科学考察船“蓝色搜查号（BlueResearch）”参加研究，但这艘船却与劣迹斑斑的魔法结社“宵暗的出口”有关联（实际上毫无关联，只是“宵暗的出口”放出的假情报），因而非常有可能会被得罪上的魔法侧（英国清教）与科学侧（学院都市）双方所除掉，雷维尼亚立马命令马克·史佩斯去把自己的妹妹带回来。
在船上的马克与佣兵魔法师维斯·怀恩莱特打了起来，击败维斯·怀恩莱特后的马克为了避免“蓝色搜查号（BlueResearch）”被学院都市所发射的特制武器“海底漩涡（Down Waver）”所击沉，召唤了“天使之力”将整艘船体漂浮了起来。
事件结束回到据点的马克被BOSS雷维尼亚告知“宵暗的出口”已被摧毁（极有可能是雷维尼亚干的，但她不承认），同时马克在船上为了带走珀翠西亚编造了雷维尼亚使用丰胸套装失败的谎言，受到了雷维尼亚的挠痒按摩机惩罚。
10月3日
早上——
暗部“集团（Group）”执行组建以来的第一个任务：镇压无能力武装组织“Skill Out”。
“集团（Group）”突袭“Skill Out”的据点，“Skill Out”首领驹场利德在与一方通行的战斗中战死，死后他的手机被一方通行捡取，拿去进行“加班服务”（最后一方通行加班半天时间做了什么并不清楚）。
“Skill Out”被压制后不得不听从学院都市高层的控制，新的首领交由滨面仕上所担任。
上条当麻与茵蒂克丝和平的一天开始，中午上学时围绕便当的问题与姬神秋莎发生了一点小小的不愉快。
英国伦敦·英国清教女子宿舍内
吃完早餐的神裂火炽等人接见了陪同上司瓦希莉莎开会而来的莎夏·克洛伊洁芙，并回答她的疑问，莎夏·克洛伊洁芙走后，奥索拉开始讲述起了神裂火炽的恋爱八卦事件，搞得神裂本人都有些崩溃。
晚上——
下午放学后，上条当麻的全班同学（+茵蒂克丝）一起去了火锅店吃火锅。
晚上十点钟，“加班”归来的一方通行路过街口时被酒醉的御坂美玲骚扰，他后面路过的上条当麻与茵蒂克丝也无法幸免。
学院都市高层为了利益命令“Skill Out”刺杀御坂美玲，得知这一情况的一方通行和上条当麻同时赶来对她加以保护。
带着御坂美玲逃跑的上条当麻与滨面仕上在紧急出口处发生遭遇战，上条胜。
由于艾扎力（伪海原光贵，8月31日身份暴露后加入“集团（Group）”）的交涉，使得高层撤消了对御坂美玲的处分，而有些受伤的上条当麻被送往医院，刺杀事件结束。
感到自己不太适应首领之位的滨面仕上在此事后离开“Skill Out”，后加入了暗部“道具（Item）”担任下属成员，“Skill Out”暂时交由半藏代为管理。
10月、第一个礼拜五
刚加入“道具（Item）”的滨面仕上陪同绢旗最爱去看B级电影。
拒绝忍者复兴计划的半藏与部下小郭对决，小郭被击晕，半藏从晕倒的小郭身上搜出了一张标记有“原石”能力者的名单，有些惊讶。
10月4日—8日某日（ 根据小说内容推测7、8两天的可能性比较高）
世界各地频繁发生罗马正教、学院都市两方互相攻伐的抗议活动，使得双方的对抗升级。
学院都市统括理事会理事之一的亲船最中与上条当麻有所接触，之后亲船最中命令土御门元春向自己开枪，降低学院都市其他高层的怀疑。
上条和土御门两人乘坐超音速客机前往法国城市阿维尼翁，破坏放置在教廷宫殿中的罗马正教重要灵装“C文书”，从飞机跳伞下来的上条当麻遇上与自己执行同一任务的天草式教徒五和。
上条、土御门、五和三人为了破坏“C文书”与神之右席成员之一的左方之地对峙，对峙中，学院都市派遣的驱动铠部队侵入阿维尼翁，进行镇压作战。
远在英国的史提尔·马格努斯和雅尼丝·桑提斯来到关押犯人的处刑塔内，审问关押在此的丽多薇雅·罗伦婕蒂和彼亚吉欧·普索尼有关“神之右席”的情报，丽多薇雅妥协，告知了“神之右席”的情报，但条件是把欧莉安娜·汤森放出来，欧莉安娜之后为英国清教工作。
上条当麻将左方之地击败时“C文书”也一同被毁，左方之地在随后的混乱中撤离，于此同时，被学院都市派遣而来的一方通行则开始搜索左方之地的尸体以及“C文书”，但没有完成目的只好回归。
逃回梵蒂冈教皇厅左方之地被平日看不惯他恶行的同僚威廉·奥维尔（后方之水）所瞬杀。
远在学院都市的御坂美琴无意中通过手机听到了上条当麻失去记忆的事情，开始烦恼起来。
10月6日
暗部“学校（School）”的狙击手成员被“道具（Item）”所杀“学校（School）”不得不通过情报贩子“人才派遣”介绍另一位佣兵狙击手砂皿致密加入其组织。
10月9日（学院都市独立日）
“学校（School）”、“区块（Block）”两个暗部组织为了各自的目的（都与理事长亚雷斯塔·克劳利有关）行动起来。
他们两个组织的行动也调动其他三个组织“道具（Item）”、“集团（Group）”、“人员（Member）”。
“学校（School）”为夺取素粒工学研究所发明的可以捕获纳米级粒子的机器“镊子”，与“道具（Item）”、“人员（Member）”分别发生激战，“道具（Item）”经历两次交战后无力再进行追击，“人员（Member）”经历一次交战后已完全损失战力。
“区块（Block）”暗杀亚雷斯塔所进行的计划被“集团（Group）”彻底挫败，已完全失去战力，中间穿插席琪桃尔企图肃清师兄艾扎力的事情，席琪桃尔因过度使用“兽皮原典”而受到了原典的反噬，性命危难之际被艾扎力用转移“兽皮原典”附身者的方法所救。
“道具（Item）”在之后经历两次内杠后彻底失去战力，其中成员弗兰达想叛逃到“学校（School）”时被首领麦野沈利所杀，之后由于麦野想继续利用已近崩溃的泷壶理后继续追击“学校（School）”，与保护泷壶的滨面仕上发生不可调和的矛盾，由于自持能力强大而掉以轻心的麦野反被已有决死之心的滨面所击败。
成功取得“镊子”的“学校（School）”首领垣根帝督（能力：未元物质，排名第二位的超能力者）为了与一方通行争取亚雷斯塔第一候补实验体的位置进行战斗，在战斗中不敌一方通行，还在战败后攻击劝阻的黄泉川爱穗，导致了一方通行的黑翼暴走，虽然垣根帝督也同时暴走展现出“翼”，但完全不是一方通行的对手，被殴打成碎片。
暴走的一方通行在最后之作出现后恢复理智，“集团（Group）”全员通过解析“镊子”中的纳米机器“滞空回线”取得了新的情报“龙（Dragon）”，引起了“集团（Group）”的高度注意。
暗部混战事件过后，麦野沈利被亚雷斯塔利用“冥土追魂”留下的技术“负遗产”给救回，身体也进行了改造，而被殴打成碎片的垣根帝督肉体碎片被收容起来，作为“未元物质产生器”而活着。
10月、第二个礼拜五
分布在全世界范围内的“原石”能力者遭到不同组织的绑架，远在学院都市的云川芹亚和贝积继敏理事商量对策，决定由分布在全世界学院都市协力机构的“妹妹们”处理，通过“妹妹们”的努力，所有的“原石”能力者得到了解救。
魔法师欧雷尔斯此时侵入学院都市，击败最大的“原石”削板军霸，对大量搜集“原石”能力者的学院都市加以警告。
伤愈出院的“道具（Item）”成员绢旗最爱接受暗杀任务，将绑架“原石”能力者的主谋者乔治·金顿干掉。
由于出现了大量“妹妹们”的目击传闻，远在美国亚利桑那沙漠中的御坂美琴之父御坂旅挂向亚雷斯塔打电话，警告他不要想利用自己的妻儿。
10月某日（10月、第二个礼拜五后）
意大利·米兰
有些忧心的席薇亚见到了安然回家的欧雷尔斯后喜笑颜开。
10月某日（10—16日其中一天的两天前）
威廉·奥维尔（后方之水）分别向学院都市和英国清教下达了要去狙击上条当麻的战帖，给英国清教的战帖中还附带了左方之地的遗体。
接到战帖的学院都市和英国清教为保护上条开始行动起来，英国清教方派遣了下属的天草式十字凄教成员前往学院都市担任他的护卫。
10月某日（10—16日其中一天）
上午——
与上条当麻率先接触的天草式少女五和将追赶上条的魁梧大汉（灾误老师）误认为后方之水，并用力打进了医院。
闹剧过后的五和来到上条的宿舍为上条和茵蒂克丝做饭，引来隔壁的土御门舞夏对自身厨艺的竞争心理。
晚上——
因宿舍热水器坏掉，三人不得不去公共澡堂洗澡。
在回去路上的上条被袭来的后方之水攻击，担任护卫的天草式十字凄教也被击败，之后后方之水给上条当麻考虑放弃右手的时间后离开，上条本人因伤势有些严重被送往医院治疗。
翌日
凌晨——
五小时后，天草式以及赶来的神裂火炽再度挑战后方之水，上条在医院苏醒。
从医院中离开的上条遇见美琴，回答完美琴关于自己失忆的问题后离开前往战场，留下来的美琴察觉到了自己真正的感情。
在随后赶来的上条当麻牵制下，后方之水被天草式十字凄教全体施展的对圣人专用术式“圣人崩坏”所击退。
白天——
在医院探视上条的神裂火炽接受土御门元春的提议，穿上有些羞耻的堕天使女仆装给清醒的上条看予以报恩，不过却出现了反效果。
远在梵蒂冈圣彼得大教堂的罗马正教教皇马丁·利斯被神之右席成员右方之火打伤，右方之火之后前往英国开始完成自己的计划。
前方之风与受伤的教皇谈话后离开梵蒂冈，为了阻止右方之火而行动起来。
10月12日
连接英国与欧洲大陆的海底隧道被炸毁，随后英国清教向茵蒂克丝发出了“禁书目录召集令”，命令茵蒂克丝回到英国与英国王室共同调查隧道被炸事件。
10月17日
上午——
上条当麻与茵蒂克丝在土御门元春的“帮助”下很快登上了前往伦敦的客机“空客365号”，在飞机上的上条还与机组成员及时处理了一起炸机未遂事件。
晚上——（按照时差原因伦敦时间要比东京时间要慢上8小时）
晚上八点整，上条与茵蒂克丝到达英国爱丁堡机场，之后前往伦敦见到了英国王室派、清教派、骑士派各派别的重要人物。
在王宫中的上条与茵蒂克丝各自分配了任务，上条前去调查魔法结社“新生之光”（由欧莉安娜·汤森予以协助），而茵蒂克丝则跟随第二公主凯莉莎和“骑士团长”前往欧洲隧道进行调查。
一方面的上条、清教派为调查而与”新生之光”蕾莎等人交战，而另一方面调查出隧道有可能是被法国方面所炸毁的茵蒂克丝则被凯莉莎公主所关押。
透过“新生之光”的帮助拿到英国最大灵装卡提纳·正统（Curtana Original）的凯莉莎公主随后与骑士派发动了蓄谋已久的政变，抓捕自己的母后与姐妹以及萝拉·斯图亚特等人，同时还袭击了清教派，被袭的清教派受损严重，不得不先隐蔽起来静待反击。
在上条、清教派、以及半途赶来的威廉·奥维尔（后方之水）等人的反击下，凯莉莎公主已经无路可退，为了妥善解决事件，回到王宫的英国女王伊莉莎发动魔法“联合的意志”，将卡提纳·正统（Curtana Original）的“天使之力”平分给了每一个英国民众，而凯莉莎公主则被上条打倒，该事件之后被描述为“不列颠万圣之夜”事件。
以为事件即将结束的上条当麻被突然出现的右方之火袭击，右方之火利用抢夺来“自动书记”的远距控制灵装控制觉醒的茵蒂克丝向上条发动魔法攻击，由于该灵装的强大副作用，使得觉醒后茵蒂克丝一下子就昏迷了过去，右方之火向上条透露了自己以后的计划时带着该灵装离开了，之后为了让茵蒂克丝苏醒的上条决定动身前往俄罗斯破坏右方之火的计划。
俄罗斯成教的司教尼可拉·托尔斯泰为了获取成教宗主教的地位而与右方之火合作，先软禁了宗主教克兰斯·R·札尔斯基，后命人抓捕有过天使附身经历的莎夏·克洛伊洁芙，而纱夏在上司瓦希莉莎的掩护下逃脱，被前往救助她的前方之风带往与俄罗斯接壤的国家“伊利沙里纳独立国同盟”躲藏起来。
下午——
“集团（Group）”（一方通行、结标淡希、土御门元春、艾扎力（伪海原光贵））四人各自处理自己的日常事宜，而另一方的“道具（Item）”中的滨面仕上与绢旗最爱则为了庆祝泷壶理后的出院而做着准备。
“集团（Group）”在上层的命令下剿灭反叛的暗部“迎电部队”，中途发现此次行动居然与隐藏的情报“龙（Dragon）”有关，“集团（Group）”四人决定私自调查这个极度机密的情报。
“道具（Item）”三人在活动时陆续的被三方人马所袭击：接受亚雷斯塔命令清除滨面的“联合部队”（过去被击溃的暗部组织残余人员）、为向绢旗复仇而来的佣兵史蒂芬妮·哥杰斯巴莱斯、为向滨面复仇的麦野沈利，滨面与一方通行在各自行动时首次接触。
在亲船最中理事的帮助下，“集团（Group）”突入到了直属上司潮岸理事所躲藏的核庇护所内，潮岸在逃跑时被自己的部下美浓部（伪装的提克帕托）所攻击，为了肃清叛徒艾扎力而来的提克帕托以下属托琪托莉为祭品发动魔法攻击艾扎力，被激怒的艾扎力反杀。
受伤的潮岸理事在倒下之际向一方通行透露了“龙（Dragon）”的真相：艾华斯（由AIM扩散力场集成的非人类，外形拟似女性天使），就此时艾华斯凭空出现在一方通行面前的，即便被一方通行全力攻击的艾华斯也毫发无伤，艾华斯在提示一方通行“去俄罗斯可以找到他要找的答案”后自行的消散，而为了解救因爱华斯的出现而产生巨大身体负担的最后之作，一方通行决定带着最后之作动身前往俄罗斯寻找救赎的答案。
从“联合部队”、麦野沈利两方人马手中死里逃生的滨面和泷壶两人不得已坐上了超音速客机逃亡俄罗斯，设想可以寻找到与学院都市谈判的情报，以便交涉让他们可以活着重回学院都市。
10月18日
现任俄罗斯总统索吉耶·I·克莱尼柯夫向全世界发布了第三次世界大战的宣战布告。
10月19日
第三次世界大战开战，俄罗斯与学院都市进行全面战争。
10月30日
上条当麻、一方通行、滨面仕上等众多人马陆续赶到了位于俄罗斯境内的战争主战场，不可避免的卷入到了关乎全世界人类生存的“伯利恒计划”当中。
在俄罗斯的右方之火启动了由俄罗斯成教为他制作的巨大漂浮要塞“伯利恒之星”，同时以抓获的莎夏·克洛伊洁芙为媒介，召唤出了强大的大天使神之力“加百列”，之后开始执行“净化”旧世界，重塑一个新世界的“伯利恒计划”，被上条当麻等一干人等所阻止。
在摇摇欲坠的“伯利恒之星”上击败右方之火的上条当麻放弃逃生机会，与前来解救他的御坂美琴诀别，之后为了不让的“伯利恒之星”坠落到地面引发巨大的伤亡，而将其偏导至北冰洋上坠落，即便最后落入海水中的上条还将正在吸取全世界海水的神之力“加百列”用“幻想杀手”所消灭，当麻迎来第二次死亡，
而没有救到上条的美琴久久望向海面，感到无比的茫然与悲伤。
被学院都市赶来回收的一方通行冒着与学院都市全面对立的危险，救下了最后之作以及新的“妹妹”番外个体。
滨面、泷壶理后以及和解的麦野三人将前来暗杀他们的部队一一击溃，最后从“头盔女”（“道具（Item）”过去的联络人）口中套出了足以动摇学院都市存在意义的“素养判定”情报。
被上条当麻放走的右方之火回到地面上时受到了亲自动手的亚雷斯塔袭击，被斩断右臂倒在雪山上，濒死之际被欧雷尔斯和席薇亚所救，而远在英国清教的萝拉·斯图亚特在探测到亚雷斯塔本体出现时流露出了吞并学院都市的野心。
俄罗斯成教宗主教克兰斯‧R‧札尔斯基向全世界发布终战宣言，第三次世界大战因各方停战而结束。
到这里是魔禁小说旧约（1到22卷）结束，之后是新约。
话说这个时间表当麻等人到俄罗斯后发生的事都省略了啊....嘛...反正那么多事也都是一天内解决的貌似....
11月5日
白天——
第三次世界大战后各自回到学院都市的一方通行、滨面仕上等人回归到了平和的日常生活中。
与旧友半藏会面的滨面发现他与小郭正在保护少女芙蕾梅亚·塞维伦（弗兰达·塞维伦的妹妹，同时也是驹场利德在过去所保护的人），为了避免芙蕾梅亚落入暗部“新入生”的手中，滨面等人展开行动，无意间调查的一方通行也开始卷入进来。
双方的合作却正中“新入生”首领黑夜海鸟（能力：氮气暴枪，大能力者（LV4））的下怀，其目的是诱使滨面和一方通行合作，使学园都市上层将他们定位为“无法估量的膨胀势力”，并以此作为加以清除的借口。
绑架未遂被击倒黑夜海鸟在晕倒前向芙蕾梅亚发射的氮气暴枪被归来乱入的上条当麻所消除，三人与带着上条回家的救命恩人雷维尼亚·芭德薇会面，众人决定去上条的宿舍解释众多的疑问。
傍晚——
由魔法与科学混合的组织“格雷姆林（Gremlin）”计划控制巨大的漂浮要塞“无线电气象探测仪要塞”，引导其坠落在学院都市，借此想一劳永逸的消灭上条当麻所持有的“幻想杀手”，英国清教立马派遣了神裂火炽登上要塞上调查，与没有人类形体的控制者“投掷之锤”交战。
在滨面提议下灌酒借胆的上条当麻醉醺醺的回到宿舍，在路上被众位女性所围观，引得担忧他的美琴既高兴又嫉妒，随后回到宿舍的雷维尼亚向众人讲授关于魔法的事情并透露魔法结社“格雷姆林”的情报。
“无线电气象探测仪要塞”在学院都市上空袭来时被众人所阻止，众人随后前往美国夏威夷群岛调查并阻止“格雷姆林（Gremlin）”的破坏活动。
11月10日
美国夏威夷州
上条一行人来到美国的夏威夷群岛，刚到机场就被“格雷姆林”成员灰姑娘所袭击，被雷维尼亚所制止。
之后出现的骚乱中众人与奇怪的美国总统罗伯特·卡采相识，后众人为了制止高爆炸弹“起爆剂”诱发基拉韦厄火山的爆发而行动，但未能完全阻止火山的喷发，其扩散的火山灰和早已布置的反舰导弹致使夏威夷完全孤立，随后由佣兵组织“三叉戟”和“格雷姆林”魔法师组成的混合部队开始登陆，试图压制住夏威夷的抵抗。
在战斗中的众人通过调查到此事件的黑幕为传媒大王欧蕾·布鲁沙克与“格雷姆林”合作控制美国的巨大阴谋，在作战中为了赢得胜利的总统辅佐官罗紫琳·卡拉克巴尔特决定绑架欧蕾的女儿琳迪·布鲁沙克作为谈判的筹码，不想连累无辜的上条带着黑夜海鸟赶去阻止，在终途将同样目的而来的“格雷姆林”成员莎罗雅·A·伊莉维卡所击败。
最终“三叉戟”投降，“格雷姆林”见状便撤离夏威夷群岛，躲藏起来的欧蕾名下的所有资金被罗伯特·卡采以遗嘱的名义转移到了她女儿琳迪的名下，欧蕾不得不考虑向美国政府投降。
夏威夷事件结束时，与学院都市有关的27个主要合作机构通过新闻宣布脱离与学院都市的关系，上条此时发现这是雷维尼亚计划，利用他们等学园都市相关人员的介入导致学园都市与其协力机关的对立，以处于无管理状态的协力机构作为诱饵，来探寻“格雷姆林”的全貌。
众人在事件过后回到学院都市，只有上条在“格雷姆林”成员木原加群（前木原一族成员，学习魔法后冠以“贝尔西”之名）引导下独自前往东欧城市巴格吉城进行调查。
11月13日
东欧某国巴格吉城
脱离学院都市的27个合作机构组成反学院都市组织“科学守护者”与“格雷姆林”合作，在巴格吉城举办格斗大会“自然选择者”，希望以挑选出能够与学院都市对抗的异能力名义扩大自身在世界上的影响力，借此来挑战学院都市的地位。
比赛期间木原一族三人（乱数、病理、圆周）带领学院都市镇压部队袭击巴格吉城，木原一族三人与“格雷姆林”开始交战，潜入的上条当麻以及临时组队的女子三人组（莎芙莉·奥彭蒂丝、近江手里、云川鞠亚）因为不同的目的而与双方都互有交战。
在战斗中的木原加群与木原病理双方同归于尽，引发深爱他的玛丽安·丝琳格奈娅（“黑侏儒的知识”的继承者）的暴走，暴走后的玛丽安使用灵装“战乱之剑”斩断了上条的右手，被觉醒的上条击晕。
增援的“格雷姆林”首领欧提努斯两度将觉醒中的上条所击败，但却无法击败随后赶来的欧雷尔斯与右方之火两人，双方打平手后带着玛丽安离开，苏醒后的玛丽安见到了被欧提努斯复活成“死者军势”的木原加群。
木原一族成员木原唯一作为学院都市方的代表接受“科学守护者”的投降。
席薇亚与雷维尼亚前往北欧救援了被“后天的女武神”部队（“格雷姆林”所属）袭击的圣人布伦希尔德·爱因库特贝尔。
上条当麻在欧雷尔斯的医护下接回右手，送回了学院都市。
11月中旬某日（一端览祭活动前日）
白天——
被送回的上条当麻因为一端览祭的准备活动而搞得焦头烂额。
欧雷尔斯一方（欧雷尔斯、席薇亚、雷维尼亚·芭德薇、布伦希尔德·爱因库特贝尔）以及“格雷姆林”一方（玛丽安·丝琳格奈娅、投掷之锤、雷神托尔）分别进入了学院都市。
与上条首先接触的欧雷尔斯告知他有关“幻想杀手”的部分真相，稍后与上条接触的雷神托尔则说服他救出关押在“没有门窗的大楼”中的迷之少女Miss·芙洛伊特奈，两人合作想办法破坏了“没有门窗的大楼”后被拥有未知力量的不死者Miss·芙洛伊特奈所弄晕，恢复自由的Miss·芙洛伊特奈开始在街上游荡，与偶遇的芙蕾梅亚·塞维伦和最后之作成为友人，连带着将滨面和一方通行等人所卷入。
木原唯一在统括理事会的示意下放出已是非人类之身的垣根帝督抓捕Miss·芙洛伊特奈，但此时的垣根帝督一心只想向一方通行复仇。
亚雷斯塔的人工智能机械分析出Miss·芙洛伊特奈如果拥有捕食与吸收必要功能后将会为了获取所有的世界信息而去捕食具有“御坂网络”司令塔身份的最后之作的大脑。
11月中旬某日（一端览祭开幕第一天）
凌晨——
卷入此事件的各方人马为了争夺Miss·芙洛伊特奈（或为了保护最后之作）而进行了大混战，托尔还将与此事无关的美琴也卷入进来。
由于“未元物质”所制造的“独角仙5号”拥有了自我意识，再加上泷壶理后对垣根帝督“只属于自己的现实”的干涉下，垣根其身体和意识被“独角仙5号”（善良的垣根）所取代，消散在与一方通行和麦野对峙的战场。（善良的垣根很快成了学院都市传说之一）
为了守护Miss·芙洛伊特奈而战斗的上条将雷维尼亚击退，同时与美琴和托尔对峙的布伦希尔德、席薇亚两人见状离开。
潜入学院都市的魔法师灰姑娘利用特殊的魔法材料创造了最后之作大脑仿制品将其给Miss·芙洛伊特食用，这样的结果既满足与Miss·芙洛伊特无法抗拒的生物本能，也可避免最后之作受到伤害，双方皆大欢喜的结果。
在偏僻处离开的上条当麻最后受到了托尔的挑战，托尔在向上条透露出重要的情报后将其击晕，而回到黄泉川宿舍的一方通行从被控制的最后之作口中听到了“御坂网络整体意识”所发出的留言。
在学院都市之外的托尔受到了欧提努斯的惩罚，被斩断了手臂，接回手臂时露出的却是欧雷尔斯的面容，原来欧雷尔斯早已和托尔达成交易，伪装成他的样子潜伏进“格雷姆林”，而真正的托尔此时正坐在长椅上自言自语。
带着产生抱人癖好的Miss·芙洛伊特奈回家的上条当麻受到了茵蒂克丝热情“迎接”。
暴走后的玛丽安使用灵装“战乱之剑”斩断了上条的右手，被觉醒的上条击晕。 增援的“格雷姆林”首领欧提努斯两度将觉醒中的上条所击败（刚看到这个...这个是原时间表作者记错了...）
是欧玛丽安不敢拔出“战乱之剑"，然后当麻击倒了玛丽安，之后当麻准备销毁“战乱之剑”时，只眼姬奥帝努斯（欧体努斯）跳出来，捏断了当麻的右手又捏爆了当麻断手后爆发的力量....
11月中旬 miss芙争夺战之后，
上午：
当麻被土御门弄晕扔到女校“学园之舍”的更衣柜中，出来的当麻在一堆妹子的追杀下撞破不锈钢大门逃跑。土御门声称让当麻阻止准备使用“明王之坛”的魔法师。之后当麻又因为偶遇遭到美琴的追杀，这时逃亡的当麻遇到了被女王控制的河童头少女，在女王的帮助下...当麻被误会的更加严重.....
下午：
同时传来了土御门舞夏死亡的消息，得知消息的土御门找上层报仇和云川学姐交战。
发现“明王之坛”并不存在的当麻在受到云川不知为何下意识发出的消息后，赶来和土御门交战，并将失去信念的土御门打倒。但土御门并没有说出真相、
滨面和绢旗发现芙蕾米娅的房间有异常便前去查看遭遇操作食人蟑螂的药味久子，绢旗让滨面去追赶，自己独自留下对付食人蟑螂群。
同时黑夜海鸟遭到能够”使用和获取任何已知情况的超能力“的恋查#028的袭击，虽然滨面和黑夜一起行动，但因黑夜不相信滨面结果两人都被打倒。
就在恋查准备攻击倒地的两人时，当麻及时赶到阻止，并完全压制使用各lv5能力战斗的恋查，但之后恋查将痛觉关闭，在被破颜的同时缠住当麻，之后想要夺取幻想杀手。结果恋查的手爆了......
但同时药味久子”人的资源计划“开始，学园都市中7500萝莉控（英雄）出现，并为了各自拯救手段展开混战，同时各个lv5出现在其中镇压众人。
之后当麻和独角仙垣根一同迎战恋查#029，两人压制#29后，#29展开和一方一样的黑翼，击倒垣根，当麻独自与其僵持，就在这时恋查关闭自己的表情和身体细微动作借此想要封闭当麻的前兆感知。
同时芙蕾米娅察觉自己不能一味受到保护，而是想成为守护大家的人，因此”人的资源“计划前提被打破，aim化得药味久子被逼入#29体内，当麻为了救下#29决定biu掉药味，而如何救下药味交给#29来想。之后#29因为保护药味的心意，黑翼变为白翼。音速冲向当麻的恋查被当麻预测闪过攻击并破颜。
晚：
之后生存下来aim化的药味久子遇到了loli miss芙的，loli芙以”伤害朋友的惩罚“为由，将aim化的药味久子吞食至只剩一小片。
舞夏的死讯其实是土御门自己制造并假装复仇，为了谢罪土御门被云川使用油漆弹打晕掉如河中。
当晚当麻和滨面在医院相遇对话，当麻当时将#2829的核心给回收了。
而一无所知的index和舞夏相互抱怨着。
应该是11月下旬了：
当麻醒来发现边上躺着芭德薇和蕾莎，之后当麻在少女化被咬头之后，从芭德薇哪里得到消息，于是为了参与战斗待机...去泳装店，途中遇到了美琴和云川妹在众人的随同下，搭乘超音速爆击机前往位于东京湾的“格雷姆林”据点“船之墓场”。在途径东京上空遭到“格雷姆林”魔法师芙蕾雅制造出的红色恶龙袭击，因机体被解体而降落到东京闹市区，当麻与其他人走散。打算利用地铁线路前往东京湾，却在地铁车厢顶上遭到芙蕾雅的袭击，展开战斗。
同时前往船之墓场的后方之水，骑士团长，第二王女等人遭到格雷姆林 洛基的算计，陷入危机。
史提尔使用”猎杀魔女之王“和耶梦加得交战，欧利安娜和芬里厄交战。
就在准备攻击芙蕾雅时当麻发现，真正使用召唤魔法的芙蕾雅不是母亲，而是肚中的胎儿，母亲因为压力处于昏迷，而现在是胎儿为了保护母亲在操作着母体。母女为了守护彼此只能指望魔神那超越一切法则的力量。
之后当麻因为芙蕾雅召唤的红色巨龙破坏车厢而被卷飞，这时美琴和index赶到，救下当麻，而当麻为了拯救芙蕾雅母女向index和美琴请求帮助，美琴使用近距离连续电磁炮对付龙，当麻对付众多召唤物共同保护index，在拥有魔神级别知识的index的解析下，终于成功的将芙蕾雅母女救下。
就在魔神造枪的途中，垣根帝督的内脏突然发出大量未元物质制造出身体并瞬间吞噬一座岛屿大小的地区，之后内脏垣根对只眼姬作死的说道”我发自内心的为你们悲哀....“等，并想要秒杀只眼姬，接着就被只眼姬调教了...变成排球后又变成妹子了...
之后坐上列车的当麻等人却遭到芙蕾雅更早之前召唤的另一头巨龙的袭击，就在美琴等人无法打到巨龙的时候，死去的木原加群出现秒了巨龙，见到加群的云川妹带着芙蕾雅配着已经死去只是在被魔神复活操作后，靠过去植入脑中的芯片进行着“像木原加群一样的行动“的加群离开。
而伪装成托尔的准魔神好人帝（奥莱尔斯）现出真身与魔神只眼姬（奥帝努斯）交战，但使用”妖精化术式“时被只眼姬躲过，同时自己遭到”妖精化术式“的攻击，失去魔神之力，可就在同时右方之火借用神级阿卡林能力成功用”妖精化术式“击中只眼姬。
但真正的魔神只眼姬原来只要从无限可能性中脱离就可以了，就算是”百分百的失败“只要通过反向运用魔神之力便可以同样等于”百分百的成功“。
之后只眼姬秒了好人帝和右方，在当麻赶到的时候好人帝正好被扔出。
之后只眼姬从眼中拔出了”主神之枪“，当麻急忙冲了过去，但就在当麻冲过去时，只眼姬说到“小场面战斗什么的太麻烦啦。就让我令世界终结吧！”
之后世界毁灭了。
忘了超炮s的原创剧情了...
有关菲布理的事件发生时间是暑假结束前，而结尾菲布理和布束走的时候应该是发生在风斩事件之后还未去学艺都市的时候。
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