公元1710年——大洪水时代
宙斯以 “人类受到潘多拉魔盒的影响，本性极其恶化，已经达到了无法饶恕的地步”为借口，联合海神波塞冬发动了足以毁灭地上一切生灵的神罚。大洪水时代开始。
宙斯发动雷霆之力，压迫生灵。海神波塞冬则发动神位力量，令奥林匹斯神族掌控的西方大地降下豪雨、海啸。海啸与豪雨汇聚，洪水统治大地，淹没最高的山峰长达30天！海洋世界得到空前壮大，大地生灵涂炭，人类面临有史以来最严重的生存危机。
公元1711年——重叠的世界
大洪水期间，哈迪斯遍访初代黑暗神族——深渊塔尔塔罗斯、黑暗厄瑞波斯、黑夜尼克斯以及爱欲厄洛斯。在付出了不小的代价后，哈迪斯终于从黑暗厄瑞波斯口中得知了可能将潘多拉从镜像世界中带回的办法。而此时，宙斯为了稳住哈迪斯，正打算将女儿珀耳塞福涅嫁给他。珀耳塞福涅是宙斯与农业女神德墨忒尔的女儿，容貌高贵端庄，深受德墨忒尔的宠爱。因为继承了母亲令种子萌发的能力，珀耳塞福涅被称为“种子女神”，但实际上却并没有神位在身。献出珀耳塞福涅，宙斯一是希望哈迪斯能不计前嫌，和好如初；二是希望女儿获得“冥后”的头衔与神位；三是为了制约哈迪斯，在哈迪斯与德墨忒尔间树立矛盾。
大洪水淹没最高的山峰后，原先的地面变成深海，没有一丝的光亮。这种情况下，再好的镜子也找不出影子，于是，镜像世界只剩下了一个。在大洪水开始退去的时候，哈迪斯将冥月升上了夜空。原本的月亮好像跟影子重叠了，变成了紫色。刚刚露出来的山头也似乎跟什么重叠了，颜色变得深了不少。
99天后，大洪水完全退去。唯有雅典娜所庇护的雅典、哈迪斯所在的朱迪加，由于结界的存在保存完好，里面生活的人类得以幸存，成为人类最后的希望。在雅典，人们兴高采烈地走出城门，踩在泥泞的土地上，感受劫后余生的喜悦。但是人们却惊愕的发现，在城邦的对面出现了一座一模一样的城，在城里甚至还能遇见一模一样的自己！一时间，雅典陷入了混乱与恐慌，而“冥王之城”朱迪加则紧闭着临时打造的城门。但在哨塔，朱迪加的守卫们望见不远处一模一样的“冥王之城”，心里也甚是不解。
此时的奥林匹斯山，也被突然出现的异象所困扰。但是众神很快发现，与自己一模一样的人物，并没有神明的力量，只是一个单纯拥有雷同外貌的复制品。宙斯并没有在意异象，依旧照原计划将女儿珀耳塞福涅送到了“冥王之城”——朱迪加。异象也确实如同宙斯所想的那样，并没有造成什么问题。人们在第二天一早就发现：月亮恢复了清冷，复制品全部消失了。人们带着疑惑，重新开始了生活，在雨后空无一物的世界上开始繁衍生息。随着大洪水的退去，土地越发肥沃，万物开始复苏，展现出蓬勃活力。世界好像变了，又好像什么都没变。
公元1712年——冥后加冕
镜像世界是现实世界的反面，也是亡魂的暂时栖息的世界。冥月的作用，就是投射镜像世界，能使现实世界与镜像世界重叠。因此，冥界既是现实世界又是镜像世界。哈迪斯升起冥月，目的就是将镜像世界里的潘多拉灵魂带回现实世界。因为潘多拉本身就不是那个世界的居民，因此镜像消失以后也不会消失。
由于宙斯兑现了承诺，将镜像世界统一，哈迪斯率领冥王大军班师回府。唯有冥王之城“朱迪加”已然伫立在那里。幸存的人们感念冥王的恩情，一直维持着城邦的发展。
不久，受宙斯指派为婚的珀耳塞福涅就来到了冥界。由于哈迪斯很少出现在奥林匹斯山，作为后辈的珀耳塞福涅并不认识。印象里，珀耳塞福涅认为冥界是一个阴森恐怖、充满黑暗的世界；而作为这种世界的统治者，哈迪斯一定是个粗犷、凶恶、猥琐的大汉，随身带着凶恶的地狱犬。但是，当珀耳塞福涅进入冥界之后，却被一路的所见惊呆了。
穿过地狱门，珀耳塞福涅只感觉死气沉沉的气氛像一个巨浪扑面而来，让人喘不过气。因为，要冥河渡神卡戎撑船，需要支付一笔酬劳，而卡戎还很吝啬，坚决不白干活。很多人出不起船费，只能在冥河这一头徘徊，无所事事，死气沉沉。按卡戎的话说：被拦在这里的往往是一群既没做过好事，也没做什么坏事的人，他们整天无所事事，死后也是那么一副德行。
但是之后的冥界，却是出乎了珀耳塞福涅的意料：庄严的亡者法庭，惩治恶人的壮观地狱，充满激情的练兵场，一丝不苟的关卡守卫……一路上，珀耳塞福涅都瞪大了眼睛，她心里的观念动摇了，她不敢相信这井井有条的冥界是出自一个凶恶猥琐之人的双手。紧接着来到第二圈，珀耳塞福涅的心被彻底的征服了。
碧草一望无际，野花芬芳。似乎刚刚下过小雨，草儿低垂的叶子上挂满了晶莹的珍珠。有虫鸣，有鸟叫，有孩子们欢乐的呼喊。不远处一座座别致的房舍，好像希腊小型的神庙，白白的，点缀着这片草原。远处有起伏的山峦，有茂密的丛林，有成片的花田，好像还能听到海的波涛。不知名的鹿、兽，或者肆意奔跑，或者懒洋洋的躺着，不怕人，不伤人，好像司空见惯。蓝天、白云都有，唯独天上挂的是紫色的月亮，还有一闪一闪星星，给人一种怪怪的感觉。走进村落，发现好多小孩在和各种动物玩耍，各种发色的年轻人在比试着什么、谈论着什么，嬉笑，耍闹，除了和谐，还是一种久违的温暖。珀耳塞福涅徒步行走在这个童话般的世界里，看着，听着，嗅着，不由得感慨：这么美丽、纯洁的世界是真实的吗？她不禁拉了拉自己的耳垂，有点疼——珀耳塞福涅被眼前如童话般浪漫的景观彻底打动了——假如外围象征着哈迪斯的事业心，那么内圈就是哈迪斯纯净、美好的内心，这样的一个男人怎能不令自己珍惜？珀耳塞福涅感觉宙斯的内心与之相比是那么的丑陋不堪，令人作呕。
不久，哈迪斯宣布：珀耳塞福涅为冥界唯一的冥后，并且每年只在冥界待四个月。丰收之神德墨忒尔对哈迪斯的决定感到既迷惑又惊喜，迷惑的是为什么哈迪斯会愿意任由自己美丽的女儿不在身边，惊喜的是自己每年都能和女儿在一起大半年。一场尖锐的矛盾，在珀耳塞福涅的智慧与哈迪斯的宽容下，化解于无形。宙斯没想到自己的女儿竟会背叛，一场阴谋落空，赔了夫人又折兵。而此时，冥王却悄无声息的陷入了沉睡。
公元1712年——亚特兰蒂斯
冥王沉睡不久，刚刚平静的大海再次传来异动。在奥林匹斯山西方沿海，乌云压到山腰，风暴持续不停，日夜大雨倾盆。一座岛屿，在暴风雨中逐渐浮出水面。小岛有四个雅典的大小，被一座王冠状的巨型堡垒整个占据。与其说是一座岛，不如称之为漂浮的堡垒更为贴切，它就是风暴要塞——亚特兰蒂斯。
海皇波塞冬，是三兄弟中最健壮的一位，平时喜欢手持海神三叉戟，驾驶华丽的海马战车乘风破浪。因而，当提风猖狂地将海马战车拽出海面时，所有人都以为海皇已经战败。但实际上，那段时间根本没有人见过这位海皇波塞冬。此时，乘海马战车，手持三叉戟的除波塞冬以外还能有谁？
当神使赫尔墨斯将情报传递回奥林匹斯山的时候，众神无不感到震惊。根本没有人相信，那个高高在上却很少有存在感的海皇，居然藏有这么大的野心！震惊以后是怀疑，怀疑过后却是深深的忧虑——此时的奥林匹斯山已是待宰羔羊，莫说明面的力量被邪神提风破坏得七七八八，就连宙斯隐藏在暗中的梦神军团也被哈迪斯收了去。放眼望去，剩下的十一位主神，沉睡的沉睡，重伤的重伤，能战斗的只剩下了雅典娜与宙斯！此时，雅典娜真正展现出了战争女神该有的气魄，回到雅典，带领私军抄枪上阵。
海皇军团的编成是最复杂的。大海属于立体的生命圈，每一层都有不同的生物生存。大海又极其广袤，地形复杂，气候多变，致使生物结构十分复杂。此次，考虑到陆上作战，海皇波塞冬安排的军团，以人形海妖和两栖魔兽为主，以塞壬女妖等具有迷惑性的人形生物为辅。海皇子领兵亲征，士气高昂，直取奥林匹斯山。
雅典娜组织的护卫军团，以骁勇善战、稍微领略“众神的意志”的人类为主。奈何军团是临时调拨，数量不多，战斗力比起魔兽来说也很一般。而且人类心里充满欲望，在面对塞壬女妖时很容易迷失自我。于是，护卫军团节节败退。另一方面，雅典娜的对手，则是更加骁勇的海皇波塞冬。拥有弑神之器的老牌神明，表现出了超乎想象的强大战斗力。尽管雅典娜手持两件神器，也只能勉强打个平手。神盾“美杜莎埃癸斯”所融合的首级是美杜莎，她原本就是海皇的妻妾，这彻底激怒了海皇波塞冬！在惊天的巨浪之下，任何防御都是渺小的。雅典娜很快就开始颓败，不得不带领残部退守奥林匹斯山，希望神王宙斯的加入能扭转战局。
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