自从夸父大羿的事情后，妖族跟巫族势不两立，妖族太古天庭有帝俊与东皇太一两位大能坐阵，巫族除去水之祖巫共工与火之祖巫祝融后，还剩十大祖巫。
正面刚的话，妖族稍逊一筹的，不过妖族有着两大宝物，一为帝俊伴生法宝河图洛书，二是东皇太一的伴生法宝混沌钟，帝俊从河图洛书中领悟出混元河图大阵，东皇太一从混沌钟中领悟出周天星斗大阵。
此二阵为妖族天庭的立庭之本，其中还有其他太古洪荒妖神，如：鲲鹏、英招、计蒙、毕方、穷奇、开明、陆吾、饕餮，白泽、飞诞、飞廉、九婴、呲铁、商羊、钦原、鬼车等，还有当时不怎么出名的太古人族，实力可谓是强大的离谱。
女娲氏为妖族之主，可惜已经成为圣人，即使是妖族圣人，也不能逆了天数，只能旁观，不能插手。
巫族虽然缺失了两大祖巫，但是也不弱，有帝江，句芒，蓐收，玄冥，后土，强良，烛九阴，天吴，翕兹，奢比尸这十大祖巫。而在在损失两大祖巫之前，十二祖巫就已经在演练一种身化盘古的阵法，其名为十二都天神煞大阵，阵成可化盘古真身，实力堪称一绝。
再加上一些巫族部落首领，除去夸父与大羿这两大巫，还有其他太古洪荒大巫：九凤、风伯、雨师、蚩尤、刑天、相柳、于儿、禺虢等等
虽然比起妖族天庭来说，人数少了些，但是实力才是根本，整体来说两边的实力都差不多。
因为实力差不了多少，所以双方都没有大打出手，都是一些小打小闹，但这只是暴风雨前的平静，小摩擦多了，渐渐就开始发生大摩擦，双方投入的战力也越来越强。
在摩擦之间，妖族到处捕杀人族，炼成杀巫剑，再把罪名安在巫族身上，加剧了巫妖两族的争斗。
从小部落冲突，到大部落冲突，再到大巫，妖神出手，死的死，伤的伤，最后终于出动祖巫级别的战力。
其中，空间之祖巫帝江遭仙道围攻而殒，巫族剩余九大祖巫：木之祖巫句芒、金之祖巫蓐收、时间之祖巫烛九阴、雷之祖巫强良、天气之祖巫奢比尸、风之祖巫天吴、电之祖巫弇兹、雨之祖巫玄冥、土之祖巫后土。
最终九大祖巫带领大巫杀向妖族天庭，在缺失三大祖巫的情况下，布置十二都天神煞大阵对抗妖族天庭的周天星斗大阵与河图洛书大阵。
当时因为双方前面的摩擦，导致妖族的周天星斗大阵不全，结合了东皇太一的功力加上太阳星与太阴星为主星阵眼，又打造了三百六十五杆大周天星辰幡，后打造一万四千八百杆小周天星辰幡等等，然后将大量的神魔之力结合在一起，最终才能展现出阵法的威力。
可惜当时的妖族天庭已经没有如此多的人数去完整阵法，所以最后与十二都天神煞大阵同归于尽，双方为此死伤殆尽，妖族的鲲鹏祖师看局势不妙，趁帝俊不注意盗走河图、洛书，远遁而去，祖巫中最厉害的玄冥祖巫带着大巫九凤杀进天庭，东皇太一拦截，最终与玄冥祖巫同归于尽。
活下来妖族要么隐藏起来，如白泽，飞廉，九婴，要么归附玄门，如重明，陆吾归于道教。由于九凤乃祖巫强良胞妹，玄冥祖巫巫术后人，巫族残余势力以九凤为首。
之后，人巫两族主张以和为贵，不料巫族首领九凤被颛顼偷袭算计，中了轩辕剑后重伤（也就是妖族捕杀人族炼成的杀巫剑，被玉清净化怨气后给了轩辕），逃进了洪荒星空，不知所踪。
之后蚩尤为首跟轩辕争夺天地主角，九战九胜，最后还是九天玄女帮助轩辕大败蚩尤于逐鹿。 大巫刑天不服皇帝，刑天手拿戚，干，飞上天庭去和皇帝争个高低。
刑天左手握着青铜方盾，右手拿着大斧，直杀到黄帝的宫前，黄帝见刑天杀过来，顿时大怒，拿起宝剑就和刑天搏斗起来。两人从宫内杀到宫外，从天庭杀到凡间，直杀到常羊山旁。
黄帝趁刑天不防，挥剑向刑天的脖子砍去，刑天招架不及，头颅被斩落下来，落到地上的头顺着坡向常羊山脚下滚去，被斩首的刑天蹲下身子，想找回自己的头颅。由于失去眼睛，他没有看见自己的头就在他身处的常羊山脚下。
黄帝担心刑天找到头颅后会恢复原身再和自己交战，就拿起手中的宝剑向常羊山劈去，常羊山被劈成了两半，刑天那硕大的头颅就势滚进山谷，之后那两半山又合二为一，把刑天的头颅埋葬在里面。
刑天知道黄帝已经把自己的头颅埋进山腹，但是他并没有气馁。他站起来，依然右手拿斧，左手持盾，向着天空胡乱挥舞。陷入黑暗的刑天暴怒，以两个**当做眼睛，张开肚脐做嘴，继续与黄帝搏斗。最后刑天被魔火烧得魂飞魄散，只剩肉身。
至此，巫妖两族退出洪荒天地。
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