东京都西部被分割出来的这座都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分（学生作为人体科学实验对象）。在二百三十万人口中，有八成都是学生，所以被称为学园都市。他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力高低不同，可以分为6级，从无能力（level 0）到超能力（level 5）。
“哦，这里就是学院都市吗？”美琴（为了区别，原世界的御坂美琴就叫御坂美琴，主角叫美琴，以方便区分）走在，路边看着！
“嘛！算了，先去学校吧！”美琴看了一会儿之后，便找了个地方坐了下来。
“系统已更新完成！”就在美琴刚坐下的一瞬间，脑中响起系统的声音。
“系统更新有什么变化吗？”美琴问道
“回宿主系统多了一项回收的功能！此功能可以将物品回收化为兑换点！还有一个强化功能，可对物品进行强化，品级越高强化失败率越高。”
“这样啊！”
“对了，不是说有任务吗任务呢？”
“宿主请看”
任务一：击败一方通行。学园都市仅有的七名超能力者（Level 5）排名第一位，性别不明，能力为“矢量操作”，代号“一方通行”。能够操控能量方向，只要经过皮肤碰触，就可以自由操纵动能、热能、电能等所有能量的方向，可以反射一切物理攻
任务二：攻略白井黑子。学园都市中名校常盘台中学的一年级生，御坂美琴的学妹兼室友，能力为Level 4的空间移动，双马尾茶色头发的少女。
任务三：帮助御坂美琴摧毁实验。
另外，还有隐藏支线任务，请宿主留心。
“OK，这样的话就先去常盘台，找另一个我吧！”
“妈妈，真是的，非要让我做妹妹！明明我比较大。”
———
“听说今天有转校生呢？”
“据说还是个美女”
“好激动啊！”
“那个，大家快回到座位上！”老师走进教室说到
“嘛！给大家介绍一位新同学，这位同学还是御坂同学的亲戚哦！”
随后，教室的其他人把目光转向御坂美琴。
“啊！我亲戚！”御坂美琴不解的说道。
“是的，而且名字跟你一模一样，也叫御坂美琴。废话不多说了！”
随后，所有人把目光看向门口，紧接着，我们的主角闪亮登场！
众人在他和御坂美琴之间来回望去，一样的发型，一样的脸蛋，一样的校服，就连身高都一模一样！
“怎么回事？”
“跟御坂同学一模一样！”
“是啊！”
“是双胞胎姐妹吗？”
“真的是一模一样。”
“好啦好啦！请我们新同学做一下自我介绍。”随着老师的一阵发话，教室迅速安静下来！
“那个！我叫御坂美琴，和姐姐一样的名字，请多多指教！”
“那御坂同学就是你的姐姐咯！”下面就有人提问到！
“嗯”
御坂美琴则是一脸震惊的看着美琴，怎么回事？爸妈，明明只有我一个女儿，他是谁？怎么跟我长的一模一样？这到底怎么一回事？不行，等一下下课一定要问清楚！
“那，美琴同学就到后面找个位置坐着吧！”老师指着后面的位置说到！
“嗯，谢谢老师”
————
“你跟我过来一下！”刚下课，御坂美琴便拉着美琴的手跑到楼顶！
“说吧，你到底是谁？我可不记得我有个妹妹，而且我父母就只有我一个独生女！你到底是从哪里冒出来的？到底有什么目的？”御坂美琴盯着美琴说道
“啊！妈妈没告诉你吗？”美琴假装惊讶的回答
“嗯？”
“姐姐，这样吧，你打个电话给妈妈，你就知道了。”
“这样吗？”
随后，御坂美琴片拿出手机，经过一段时间的对话后，御坂美琴放下的手机。
“另一个世界的我？”
“嗯！”
“好了，我明白了！那从今天开始，你就是我妹妹了。”沉思一会儿后，御坂美琴开口道
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