自那天起，上条离开监禁室后便再次住在了葛城美里家。因为家在郊区所以侥幸避过了那场大爆炸。一天清晨，上条做好早餐后便下楼去扔垃圾。他小跑着转过一道弯，来到一个垃圾堆的前面。在那上面，有一个银发少年帅哥正注视着上条。
渚薰，最后的使徒，人形使徒。原剧情中，他与碇真嗣相遇后一直在纠结自己该如何选择。是选择本能而回归亚当？还是选择拥有无限可能性的人类？当他来到最终教条区，发现被钉在十字架上的不是亚当而是莉莉丝时，他就明白了SEELE的阴谋。他们只是想利用他除掉碇源堂。知道真相后的渚薰终于放下了犹豫，追寻自己的意志并最终死在好友碇真嗣的手下。
如果说死在最爱的人手下是一种幸福，那么渚薰无疑是在幸福中死去的，这是个伟大的悲剧！但是上条却不这么认为，他想给他一个全新的人生。这时，渚薰对上条露出一个完美的笑容：“早上好，上条君。我是第五适格者，渚薰。叫我薰就好了。”“早上好，薰。话说你能不能从垃圾堆上下来？”“当然可以。”渚薰迈着优雅的步伐，像只轻盈的燕子般跳到上条面前。
“抱歉突然造访，我今天是特意来找你的。第四适格者，上条君。”上条深吸一口气，语气平静道：“那么请说吧，薰。”“其实也没什么，只是想来见见你而已。”渚薰依然春风般的微笑着，“没来NERV之前我就听说了你的事，半使徒半人类，真是让我好奇呢。”上条耸了耸肩：“现在你已经看到了，有什么想法吗？”
“虽然拥有了使徒的力量但是本质上仍然是人类。”渚薰目光深沉道。“你跟我差不多，只不过跟我是相反的情况。对吧，自由天使。”上条直接一针见血，“果然瞒不住你的眼睛啊！”渚薰并没对上条说出真实身份而惊讶，他惊奇的是上条如此平静地说出事实。“你不想消灭我吗？我是最后的使徒，消灭我的话人类就能迎来希望。”渚薰露出自己毫无防备的胸膛。
“不，因为你还在犹豫。是遵循自己的使命，还是选择自己的意志？只有当你真正做出选择，我才会动手。放心，我不会告诉任何人你是使徒的身份。”渚薰露出吃惊的表情：“来找你果然是对的，上条，请允许我这么称呼你，因为你居然看透了我的心。”上条不好意思的挠了挠头，谁叫我是个穿越者呢。他突然严肃道…
“薰，这可能比较突然，但我想问你一个很严肃的问题。如果让你作为人类活下去，你愿意吗？”渚薰认为这个问题很新奇，想了想道：“有趣。使徒永恒的生命既是馈赠也是诅咒，相比之下人类反而拥有无限可能。也许作为人类活下去也是个好选择。”上条对这个回答很高兴：“这是你自己说的。”“如果真有那么一天的话。”
送走渚薰后，上条回到家里时看见他们正在吃早餐。他突然发现绫波丽的脸上有些迷茫，“难道说？”上条不安地想着。已经过了三天，第四天的中午，当驾驶员们完成同步率测试后，渚薰独自一人来到二号机的舱室，他站在横桥上微笑道：“我们走吧，亚当的分身，人类的奴仆，EVA二号机。”说完，渚薰释放出AT力场，二号机的四只眼睛忽然亮起，二号机启动。
作战大厅里立即响起警报声，日向诚盯着屏幕，吃惊地大叫：“二号机突然自己启动了！”“怎么回事？是明日香吗？”葛城美里一皱眉，青叶茂：“不是，明日香正在休息室里敷面膜。”“嗯？敷面膜？那是谁在驾驶二号机？”葛城美里疑道，伊吹摩耶：“没有人，二号机的插入栓并没有插入！”“怎么可能！”葛城美里惊道。
这时大屏幕上出现了二号机舱室的画面。只见画面正中央，渚薰浑身释放着洁白的光芒，如同天国降临的天使一般，脚踏虚空站在二号机的面前。二号机就像一头发狂的猛兽，疯狂的撕扯着身上的固定器。青叶茂震惊地大叫道：“第五适格者渚薰血型为蓝，MAGI判断为使徒！”葛城美里大惊失色：“什么！”
二号机这时挣脱了束缚，一拳打穿旁边的墙，与渚薰消失在监控中。日向诚：“目标使徒朝中央垂直竖井前进！”“目的是最终教条区吗？”葛城美里自言自语一句又说：“其他驾驶员呢？”青叶茂：“三号机驾驶员已经就位。”“丽呢？”“目前下落不明。”葛城美里着急道：“偏偏是在这个时候，上条君呢？”“他在休息室。”青叶茂说。
上条此时接到系统提示，“给我一条快速前往最终教条区的线路。”刚说完整个基地传来一声惊天动地的巨响，就像地震一样。“不好！”上条一惊的同时地图到了。作战大厅，日向诚大叫：“本部第三层发现强力AT力场，血型为蓝，是初号机驾驶员上条当麻！”“他在干嘛？”“已获得画面。”
大屏幕上，上条背后张开一对金光四溢的双翼，整个人直接飞了起来，极速向中央教条区爆射而去。所有人目瞪口呆地看着一道金光闪过，直接飞到了中央垂直竖井。上条往下飞了一段距离，深处突然传上来一股强大的AT力场。“怎么回事？”葛城美里惊慌道，日向诚：“发现前所未见的强力AT力场！”青叶茂：“光波、粒子波、电磁波全部消失！什么也检测不到！”
伊吹摩耶：“失去使徒和二号机、三号机的信号！无法与驾驶员取得联系！”“就像结界一样！”葛城美里一脸阴沉。上条差点失去平衡但及时稳住身形，然后他发现一个透明墙壁。没有丝毫犹豫，上条直接催动AT力场开始侵蚀。往下一段距离后，上条头上又传来一股不逊于渚薰的AT力场，是绫波丽！她觉醒了！
上条此时也只能继续向下，他来到NERV本部最下层-LCL之海。他看到二号机已完全沉默，三号机将渚薰抓在手中！“住手！”碇真嗣和渚薰同时看到上条飞到三号机的手上。“大哥！你怎么会有翅膀？”碇真嗣讶道，即使在临死前，渚薰也依旧淡定从容：“是来和我告别的吗，上条？”“不，我是来救你的。你难道忘记我当初跟你说的话了？”上条斩钉截铁地道。
“大哥！薰是使徒啊！”“可是真嗣，你难道不想让他活下来吗？”碇真嗣脸上露出痛苦与挣扎：“我当然想让他活下来，但是他是使徒…大哥，我该怎么办？”“可是如果我不死，人类就没有未来。”渚薰抬头看向三号机：“来吧，真嗣，杀了我。”上条满头黑线：“我说你俩能不能消停下？薰你难道不想成为人类而活下去吗？”
“难道你能！”渚薰露出恍然大悟的样子，“没错，我的AT力场基本能力是融合，只要我能融合你作为使徒的那部分就没事了。”碇真嗣忽然说：“但肯定有风险的吧。”“是的，如果失败的话，要么我被他吃，要么他被我吃。但万一能成呢？”听到这里，渚薰下定决心：“那就开始吧。”“好，真嗣别让任何人打扰我们。”
于是碇真嗣把两人放在地上，三号机往最终教条区门口一站，像个门神似的。上条释放出金色的AT力场包围住了自己和渚薰。碇真嗣看着手上的电子表，已经过去五个小时了。就在他焦急的等待的时候，金光终于消失，渚薰什么事都没有但上条一副虚脱的样子。碇真嗣刚想问问情况却接到葛城美里的通讯。
在上条的示意下，碇真嗣完美地解释了所有问题。他把两人接上驾驶舱，“薰，怎么样？”碇真嗣关心地问道。“我的AT力场已经可以忽略不计，另外，我回归母亲本能好像也消失了。”渚薰微笑道，“太好了真嗣，今后我们又可以在一起了！”碇真嗣立马小脸一红，上条又是满头黑线，让真嗣开了一个给葛城美里的私人频道并交待好全部事情后，上条终于倒了下来。
在失去意识前，上条隐隐约约看见在中央教条区的悬空走廊上，站着一位蓝发的少女。她看向了这边，绫波…丽…这是上条脑中的最后一个念头。
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