【Stage3——武器工场】
Pallate：“Zero，只要破坏粒子炮的动力装置就可以阻止它继续发射了，但是，可能会有点危险，请你们小心。”
（Mission Start）
（通过粒子炮地带之后，进入中BOSS房间）
Vava：“呼哈哈哈哈！Zero，很怀念这里吗？”
Zero：“Vava！我没空和你闲扯！”
Vava：“别那么心急嘛，反正让这里变成一片火海也是需要时间的，呼哈哈哈哈…”
Zero：“什么！？”
Vava：“想像一下吧，粒子炮的高温射线接触到残留在这里的弹药，会是什么后果呢？哼哼哼…在粒子炮达到蓄能极限之前，就让我在这里奉陪吧！”
（Warning）
（若被他打败）
Vava：“我的炮弹威力可不比粒子炮差，Zero。”
（打败他后）
Vava：“呃啊——！可、可恶……给我记住！”（离开）
Pallate：“糟糕了！Zero！现在，粒子炮正在积蓄能量！一旦它发射，那么整座城市都会变成火海的！必须想办法阻止它！”
Zero：“能找到动力装置的确切位置吗？”
Pallate：“嗯，我们正在分析具体的路线情况……”
Zero：“不用分析了，我想，从炮口进去直接破坏内部会更快些。”
Pallate：“什么？！不行，那太危险了。”
Zero：“没时间考虑了，试试看吧。”
（进入粒子炮内部，破坏掉粒子炮之后，进入BOSS战）
Hyperion：“加入我们吧！”
燃烧凤凰：“做梦！我永远也不会与你们为伍！”
Hyperion：“那么，就让你尝尝‘真·红莲’的滋味吧！红莲业火！”
燃烧凤凰：“白痴，在这里发动火焰攻击的话会引发大爆炸的！火焰吸收！呃！”
Hyperion：“嘿嘿嘿…你现在动不了了，但我的红莲业火，将会烧毁你的所有零部件，就算你是具有抗火属性的凤凰，也不可能吸收那么多的红莲业火！”
燃烧凤凰：“我不会让你…摧毁这里的一切……”
Zero：“让粒子炮出现异常的家伙，就是你吗？”
燃烧凤凰：“Z、Zero…这家伙的红莲业火很厉害，请小心对付！”（离开）
Hyperion：“哼，你就是Zero？在下是‘红莲之Mars’的Hyperion。真是想不到，让Repliforce和‘红色警戒’都闻风丧胆的Zero居然就在我面前！我的热血要沸腾了！我们一起燃烧吧！”（Warning）
（若被他打败）
Hyperion：“就让业火把这里燃烧得片甲不留吧！你也会喜欢这美丽的火海的！”
（打败他后）
Hyperion：“呃——！我的‘真·红莲’奥义是无懈可击的啊！怎么会……被你……打败……我们可是拥有Genesis力量的使徒啊！”
Zero：“Genesis？我想，是那力量使你异常化了。”
Hyperion：“你说什么？！我绝对没有…异常！”（大爆炸）
Pallate：“Zero，在前方发现不明能量反应！”
Zero：“知道了。”
（继续前进，进门查看，Dynamo突然出现）
Dynamo：“早午晚安啊，Zero~”
Zero：“Dynamo！你这次又打算来破坏这里吗？”
Dynamo：“Zero，你还记得Iris吧……啊哈哈…看吧，这个就是Iris的记忆晶片。”
Zero：“Iris！？”
Dynamo：“哼哼哼…那么，我先告辞了！”（离开）
Pallate：“Zero，异常解除了，你们先回基地来吧！”
（Mission Complete）
【Zero 获得 Hyperion 的红莲翼（Gurenyoku）】
【X 获得 Hyperion 的 太阳焰（Solar Blaze）】
（剧情）
【Irregular Hunter HQ：Zero的休息室】
Zero：“Iris……”
【Zero的回忆1】
Iris：“Zero，拜托你…请你不要和哥哥战斗，我想这其中一定有什么不为人知的内情在…”
Zero：“但要是没有人…去阻止Repliforce的野心的话…”
Iris：“Zero！……”
【Zero的回忆2】
Zero：“振作一点！Iris！”
Iris：“求求你…请你不要再和Repliforce对立了…让我们一起……创造一个‘只有Repliloid的世界’，好吗……”
Zero：“Iris…根本不可能有‘只有Repliloid的世界’，那只是幻想罢了…”
Iris：“或许吧…不过…我还是深深相信着……那个‘只有Repliloid的世界’…还有…你……”
Zero：“Iris……”
【Irregular Hunter HQ：Zero的休息室】
Zero：“Iris……你已经为了战争牺牲了那么多，为什么还要让你再卷入这场战争……难道命运，真的那么无情吗……”
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