“额…唔……”一家医院的脑科病房里，少年扶着疼痛的前额坐了起来“这是……哪？不行，头好痛……”少年如此喃喃道，试着回忆昏迷前的事。“好像……她和眼镜娘被绑架……起因是…那次银行抢案被我杀掉的两人……绑架案的凶手是……刘警官！后来怎么了……我找到他们，干掉4名狙击手，打伤刘警官……可是，他们没能得救……被…杀了……然后……刘警官开枪击中我……就…没有了……”画面在脑海一幕幕闪过，少年一点点忆起。“嘭！”进来的护士看到少年坐起，吓掉了手中的托盘，大喊着“医生！医生！”地跑向了医生办公室。
半小时后，医生检查确诊无恙，还需修养几日。少年的师傅也及时赶到，让众人惊讶的是，本不可能苏醒的少年竟在事件半年后苏醒过来，而且大脑丝毫无损。正在此人喜极而泣之时，本以为会迟些发生的事情发生了：两个西装笔挺的年轻男子带着两男两女进来，不出所料，四人正是两位少女的父母。少年父师傅赶忙阻拦：“你们女儿的事我们很抱歉，我徒儿确实有知情不报之错，可是他今天刚醒来，希望各位高抬贵手，今天暂且收手回去，麻烦各位了……”少年师傅恳求道，希望四人就此作罢，不料少年竟开口道：“师傅，让他们过来吧，我想听听他们怎么说。”最宠溺徒儿的师傅只得放他们进入。不出所料，四人披头盖脸一通臭骂和抱怨，两位母亲愈骂愈烈，也伤心至极，于是提前退出病房，剩下两个男人，也有颓废之势，暂时停下。过了一下会儿，一个男人开口道：“你准备如何补偿青年我们？”男人此言冷漠且不似儿戏，少年只得认真作答：“人死不能复生，这是亘古不变的道理，不过既然你们怨愤难平，那我只得决定前去复仇，以平各位愤慨。两位意下如何？”“！！！”众人皆露出惊讶之情，然少年的师傅看出他态度坚决，不似玩笑。门口停留半晌的两位西装青年终于按耐不住，走上前去，请离了两位父亲，关上门，拉着少年的衣领，质问道：“你所言竟无半点虚假？”少年依旧气定神闲的答道：“所言却为心中所思。”青年又转向少年师傅：“西露亚少尉，您就没有非议吗？”少年师傅答道：“自小他就在我身边，由我一手带大，只要是认准的事情，就不会轻易改变，这就是他的性格。”青年见此状况，也只好接受。
“那就由我来说明情况。”沉寂片刻，青年开口道：“刘公明，男，1987年生人，母亲刘美惠，父亲…加德列·布朗德。这就是你遇到的，所谓的刘警官，只是他是警官这件事是事实。”少年惊讶道：“加德列·布朗德！就是两年前死亡的邻国叛军首领？！”青年继续解释：“没错，正是他，刘公明是他在本国的私生子，只是发生在邻国叛乱之前。出生之后一直由母亲刘美惠抚养，加德列·布朗德每月会用秘密账户汇钱过来，刘美惠因常年在家而生活奢华常招非议。刘美惠因为生活无规律，在刘公明20岁因病去世，那时他刚从警校毕业进入警局，估计也是那时得知自己生父的身份。之后多次捏造理由拒绝子承父业。然后过了平淡的五年，之后发生少年你经历的两起事件，这两起事件让我们对他的身份有所察觉，可是调查时间耗费太多，让他逃到了邻国。就在你昏迷期间，也就是五天前，国际新闻报道说他成为叛军领袖，并扬言叛军势必取得胜利。”少年听罢，仍心存疑问，道：“我记得叛军的目的是民族分裂，即使他愿意子承父业，儿时接受的本国教育，他应该会改变叛乱目的，可是……”“这就是这个问题的核心了……”青年连忙解释道，并拿出一张照片。“咳咳！”西露亚少尉以咳嗽打断对话：“聊了这么久，你还没有告诉他你们的身份呢。”青年恍然大悟，急忙拿出证件道：“我是卡特，我们两人归属于国家秘密组织―国家国民行为掌控局，主要职能是对国家机构或者国民的危害国家行为进行监控和制止，军方也可以进行特殊支援。当然这些全部是秘密进行的。”卡特解释完再次递过照片给少年。“这是…什么？”少年看到照片后问道，照片上是某种兵器，下半身是机械双腿，上半身由钢板包裹，中间钢板有机枪口，一杆机枪枪口伸出来。“这是Metal gear solid（合金装备）。照片上的似乎是最弱的型号。可仅仅是这种，移动速度极快，射击精度极高，为了节约资源，钢板似乎不是很厚，而且为了保证移动速度，并没有装填太多弹药。这或许就是刘公明的目的了，制造强大的Metal gear solid。他似乎有此方面的学位。现在叛军控制了大部分邻国领土，想必四处都有这东西吧。”卡特解释道。“你说要复仇的吧？我们早年就想为世界和平对邻国施以援手，但碍于不干涉他国内政的宗旨，一直不敢妄动。所以，我们希望你以个人复仇的名义替我们帮助邻国政府，维护世界和平。我们会提供相应的支持，还有，你答应的话还会有意料之外的好事发生，怎么样？”卡特提议道。“意料之外的好事？”少年发问道。“似乎没有坏处，行，我同意帮助你们，为了复仇，为了世界和平。”少年如此回应道。“好！恭喜加入Salvation and destruction（拯救和毁灭），简称代号S计划。从今天起，你就是代号S，作为计划的主要推动人。后续情况我们会和你取得联系的，毕竟…你是这位西露亚少尉的弟子。敬请期待，我们就先告辞了，再见。”青年说完拉着他的同伴离开了。“真的可以吗？这可是一个表面光鲜，背地肮脏的组织啊，曾经……（欲知曾经如何，请阅读―神秘的代号S外传：露西亚的过去）。”露西亚欲言又止。“无妨，单靠我一人也无法复仇，车到山前必有路，遇事总有方法化解。”代号S淡然处之。
卡特离开后又过了半个月，代号S的伤已经痊愈，今天是出院的日子。到了医院门口，谢过医护人员的细心照料后，发现卡特正等在不远处：“哟，代号S，先到我们基地了解一下详细情况，露西亚少尉也一起吧，反正没有坏处。”
乘坐卡特的专车行驶了一个多小时，来到城市北面的深山里，原来基地坐落于这深山之中。车在一座较小的山峰前停下，步行数十米，来到一块岩石旁边，卡特触摸了岩石一下，出现了一个虚拟键盘，卡特在键盘上操作了一下，山壁上出现了一个小窗口，原来是扫描指纹和瞳孔的装置。一切完成，山壁上又出现了仅供一人出入的门，代号S与露西亚少尉在卡特的带领下进入了。又步行了数十分钟，经过狭长的通道，进入了一个开阔高大的空间。“这就是我们的基地，诸神殿！”卡特自信满满地介绍道：“这里应有的部门都有，情报部门，武器研发部门，后勤整备部门，特殊部门等等……先去情报部门吧，挑选你的接线员。”接着在卡特的带领下，代号S和露西亚少尉来到了情报部门。刚一进入，一个中年金发女性朝这边跑来，一把抱住了露西亚少尉：“露西亚~好久不见~伦家想死你了，为什么不和我们继续合作喵~伦家想让我们的关系更近一步喵~各种意~义~上~”虽是中年，也仅仅是相貌老陈了一些，肌肤依旧十分弹润，金发及腰，没有丝毫分叉，清澈的眼眸不含杂质，温润的朱唇微张，似有道不完的话，前凸后翘亦不会不合比例，OL装的勾勒使身材更具魅力，鼻梁上的红色眼镜显得她睿智而不失乖巧。“这家伙叫亚典菈，是这个机构最为厉害的联络员，无论是指示还是情报分析都是顶尖的，我服务于这个组织的时候就是和她一组，确实省掉不少麻烦，只是……人不太正经，喜欢讲一些荤段子。”露西亚少尉向代号S推荐道，代号S也觉得只要能起到作用，其他方面就无伤大雅，于是答应了下来，亚典菈也没有意见，此事敲定。
“接下来去一下武器研发部门，虽然军方会为行动提供支持，可是毕竟是隐秘行动，不会提供重武器或者火力支援，所以无论什么情况也只能自行解决，为了应对突发状况，我们也可以自行研发武器，当然也在研发应对Metal gear solid的装备。先去看看吧。”卡特一边解释一边带着代号S前往武器开发部，不一会儿就到了。进到里面，面前琳琅满目的武器让代号S看花了眼。卡特开始一一介绍，他首先拿出一颗小型炮弹道：“这是石墨榴弹，可以使电子设备失灵，应对雷达和空袭很有效，为了保证射程，我们有专门的榴弹枪，还有，这个榴弹是防水的。”接着卡特拿起一个黑色的金属球道：“这是MGS手雷，按手雷的方块部分启动，可以使Metal gear solid暂时进入麻痹状态，对人无害，时间预估计两分半钟，可是如果Metal gear solid上搭载了监控的话，对方依旧会发现你们，到时视情况使用，而且这东西比较重，常人携带五颗就只能勉强前进了，所以奉劝你只带五颗，反正你每周都必须回来，原由你一会儿就知道了。”接着卡特拿起一个直径两米的圆盘道：“这是我们机构暂时的顶尖科技―传送装置。这个装置按边框上的按钮启动，无论多远距离，都可以传送到这里的出口，”卡特指了指武器研发部中间的大型装置“我们实验过，请放心使用。平时不用传送功能时，可以做遥控无人机使用，上面除了搭载摄像机，还装备了小型机枪，为了减轻重量，只搭载了一百发弹药，一般只能侦查用，不能当做武器频繁使用，控制器的遥控信号是特殊信号，不会被发现，另外连装在上面的一共有五块电池，传送一次一块电池就没电了，请妥善使用，还有，两边互传可以，但必须有人守着装置，这边的机构里随时有人，主要就是另一边了。”
“后勤整备部想必你知道是干什么的，也就跳过，直接去特殊部门。”卡特说着带着两人经过了又一条狭长的通道，来到一道门前，门似乎用平常方法很难攻破。“这里就是特殊部门，局长吩咐过，只准你一人进去，所以你进去吧，我和少尉在门口等。”经过一些程序，门打开了，代号S走进其中。进去后代号S发现这是一个很大的空间，摆放着各式各样的仪器，似乎在进行着某种研究，奇怪的是，没有任何研究人员。正在代号S疑惑之时，背后一个年迈的声音传出：“你就是代号S计划的推动者？”代号S回头一看，一个年迈的身躯映入眼帘：柔顺的白发盖着左眼，未能盖住的部分露出伤疤的末尾，右眼眼神坚毅，皮肤随不及年轻人，但还是较为紧致，一身黑色西装也难以掩盖有些佝偻的身躯，声音虽年迈，可依旧中气十足，足见体魄强健。“我是这机构的领导―国家国民行为掌控局的局长，名为歇尔，欢迎你加入计划。”在一番介绍后，歇尔进入正题：“其实，我们知道你的身份，也知道你父母的事情。是叫plasmids factor（质粒因素）吧？似乎是可以加强持有者身体机能，获得强大的能力。然而plasmids factor具有自我意识，可以对大脑进行入侵，过度使用能力的话，入侵会加速，直到最后变成一个癫狂的……生物……然后，你父母背着国家秘密研究，并不断尝试令人发指的人体实验，那段时间绑架事件频发，想必也是他们指使犯人干的。那时政府就有所察觉，于是派遣当时是副局长的我调查，必要时……可以排除。我用了半年，掌握了不少证据，提交上级之后果然得到排除两人的命令，那次行动的战术指挥就是露西亚。部队进入他们研究的秘密设施后，遭遇了抵抗，正是那些被绑架的孩子，虽然找到了孩子们，可是……没有检测出生物反应，没办法，部队只能全部排除，部队也是杀敌一千自损八百。冲进主研究室，遇上了你的父母，他们以各种观点诡辩着，只能排除。结束之后，露西亚发现了身处培养瓶的你，她没想到，这对科学狂人，居然残害自己的孩子，她救出你后，离开了部队，安心培养被进行残忍实验的你……可是慢慢的，她看出了你强于常人的能力，于是时有报告传到我这。另外我们局秘密收集了研究资料，秘密研究着，可是并未做过人体实验，半年前，我们得到了机会……”代号S惊叹道：“半年前？！正是绑架事件的时间！”歇尔继续讲述：“半年前，我们得到了合适的宿体。这半年来，我们没日没夜的研究，最终完成了研究，克服了plasmids factor入侵大脑的难题，这就是成品。”接着歇尔拿出一个遥控器，操作了一下，遮住在室内中央的黑幕缓缓升起“这……这是！”代号S依然惊叹，“不好意思，她除了大脑身体完好，而且经过调查发现这是个非常适应实验身体，于是瞒天过海留下了身体，当然，父母那边也给予了相应的补偿，对方似乎很满意。不过因为大脑受损，记忆情感不复存在，简单来说，现在是一个非常厉害的人形兵器，而且这外形……不是你的愿望吗？代号S”歇尔介绍道，培养瓶里不是别人，正是代号S小学时爱慕的对象，初中也没有斩断思念，这或许是命运的捉弄吧……歇尔递过一个密码箱道：“这是这次实验的副产品，理论上可以抑制因素入侵大脑的速度，有十支，并没有实验过，现在交给你，谨慎使用，虽然能保住大脑，但用一次会缩短三年寿命，自行斟酌。行了，废话结束了，她叫安洁，不是你所认识的她，仅仅是相貌一样而已，教她麻烦你在行动中进行吧，虽然知识已经全部编入大脑，你要教的是情感与思考能力。行了，出去吧，她要参加行动还需要调整，你先休息吧，明天出发去邻国。”
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